如何在不修改.Rmd文件的情况下渲染bookdown文档？

我来帮你搞定这个头疼的问题——bookdown渲染时修改所有源.Rmd文件，导致每次都要重新加载，确实挺烦人的。这通常是因为bookdown默认会在渲染过程中更新源文件里的缓存状态、自动生成的交叉引用标记之类的元数据，不过咱们可以通过几个配置调整来彻底避免这种情况：

方法1：给渲染命令加clean = TRUE参数 #

直接在render_book里加上clean = TRUE，它会在渲染完成后清理临时文件，同时跳过对源.Rmd文件的修改：

Rscript -e "bookdown::render_book('index.Rmd', 'bookdown::gitbook', clean = TRUE)"

方法2：把缓存文件和源文件分开存放 #

从你的_common.R里看到代码块都开了cache = TRUE，默认情况下缓存相关的信息可能会写到源文件里。咱们在_bookdown.yml里加个缓存目录配置，让缓存文件单独待在一个文件夹里，就不会碰源文件了：

cache.path: "_cache/"  # 把缓存都扔到这个目录里，和源文件彻底隔离

方法3：先修复_common.R里的配置错误 #

哎，我注意到你的_common.R里有一行明显写错了：

printf ", collapse = TRUE, cache = TRUE, out.width = \"70%\", fig.align = 'left', fig.width = 6, fig.asp = 0.618, # 1 / phi fig.show = \"hold\" )

这应该是knitr::opts_chunk$set()的写法，漏了函数名和开头的括号！正确的写法应该是这样：

knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE, 
  cache = TRUE, 
  out.width = "70%", 
  fig.align = 'left', 
  fig.width = 6, 
  fig.asp = 0.618, # 1 / phi
  fig.show = "hold"
)

这个错误可能导致knitr处理代码块时出异常，进而触发源文件的修改，先把这个改了，说不定问题就解决了大半。

方法4：用预览模式只渲染需要的章节 #

如果你只是想预览部分内容，不想全量渲染触发文件修改，可以用preview = TRUE指定要渲染的章节，这样只会处理指定的文件，不会动其他.Rmd：

Rscript -e "bookdown::render_book('index.Rmd', 'bookdown::gitbook', preview = TRUE, chapters = c(1,2))"

另外，你的_bookdown.yml里设了new_session: yes，这个会让每个章节在新的R会话里渲染，虽然隔离性好，但也可能增加文件修改的概率。如果你的章节之间没有严格的环境隔离需求，可以试试改成new_session: no，看看能不能缓解问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bob Carpenter