我完全懂你这种被Git“误判”子文件夹类型的崩溃感！你遇到的核心问题是：本地子文件夹里不小心存在隐藏的.git目录，导致Git把它识别成了嵌套的独立仓库（这就是GitHub上文件夹显示白箭头的原因），但你只想让它作为普通的组织型文件夹，带着里面的CSV文件一起推送到远程仓库。下面是一步步的解决方法：

第一步：确认问题根源 #

先检查本地的data/sub_data_folder和notebooks/sub_notebook_folder里是否有隐藏的.git文件夹：

• Mac/Linux：在终端进入对应文件夹，执行 ls -a，看输出里有没有.git
• Windows：打开文件夹，开启“显示隐藏文件”选项，查看是否有.git文件夹

这个.git文件夹就是罪魁祸首——Git只要看到文件夹里有它，就会默认把这个文件夹当成独立仓库，而不是普通的子目录。

第二步：清除错误标记，重新追踪文件夹 #

1. 先删掉子文件夹里的.git目录（彻底解除独立仓库的标记）：

# 以data/sub_data_folder为例，终端执行
cd data/sub_data_folder
rm -rf .git  # Mac/Linux用户用这个命令
# Windows命令行用户用：rmdir /s /q .git

对notebooks/sub_notebook_folder重复同样的操作。

2. 回到项目根目录，清理Git的缓存，移除之前错误的追踪记录：

cd ../../  # 回到项目根目录
git rm --cached data/sub_data_folder
git rm --cached notebooks/sub_notebook_folder

3. 重新将这些文件夹作为普通子目录添加到Git追踪（注意末尾要加斜杠，明确告诉Git这是普通文件夹）：

git add data/sub_data_folder/
git add notebooks/sub_notebook_folder/

第三步：提交并推送验证 #

最后提交修改并推送到远程仓库：

git commit -m "修复：将子文件夹设为普通组织目录，同步内部数据文件"
git push

这时候再去GitHub查看，文件夹的白箭头应该消失了，里面的CSV文件也会正常显示出来。

补充说明你之前尝试的误区 #

• git worktree add是用来关联不同分支到本地目录的工具，和你的需求完全不搭，所以报错很正常
• git clone --recurse-submodules是用来拉取子模块内容的，但你根本不需要子模块，而且本地仓库已经存在，所以这个命令不适用

预防措施 #

以后创建项目内的组织型子文件夹时，千万不要在里面执行git init命令，避免生成.git目录，Git就会一直把它当成普通子目录处理。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者so1120