嘿，这两个需求其实都能通过APT相关的命令或工具搞定，我给你一步步拆解清楚：

一、清理无任何依赖关系的孤立包 #

你要删除的是那些没有被任何已安装包作为直接或间接依赖的包，这类包我们叫“孤立包”。默认的apt autoremove只能处理自动安装的孤立包，但如果是手动安装后变成孤立的，就得借助deborphan工具：

• 先安装deborphan工具：

  sudo apt install deborphan
  

• 列出所有孤立包（包括手动安装的）：

  deborphan
  

• 要是确认要彻底删除这些包（连配置文件一起清掉），可以直接执行：

  sudo deborphan | xargs sudo apt purge -y
  

  另外，如果你只需要处理自动安装的孤立包，直接用这条命令就够了：

  sudo apt autoremove --purge
  

二、将直接安装的包标记为依赖安装（自动安装） #

如果某个手动安装的包实际上已经是其他已安装包的依赖，你可以把它改成自动安装状态，这样系统就会把它当作依赖包来处理：

• 先确认这个包确实被其他已安装包依赖，避免误操作后被autoremove删掉：

  apt-cache rdepends --installed <你的包名>
  

  输出里如果有其他已安装的包，就说明它是被依赖的，可以放心操作。
• 然后执行标记命令：

  sudo apt-mark auto <你的包名>
  

  要是想批量处理多个包，直接把包名依次列在后面就行：

  sudo apt-mark auto 包名1 包名2 包名3
  

• 验证一下标记是否成功，执行apt-mark showmanual，如果这个包不在输出里，就说明已经改成自动安装状态了。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者tribbloid