嘿，我来帮你把这些RMarkdown字体相关的问题梳理清楚，先看你提供的最小可运行示例：

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date : 2018-May-26
output: pdf_document
title: "Testing Rmarkdown"
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```{r,comment = NA}
Gender <- gl(2,1000,labels = c("Men","Women"))
SmokerM <- sample(c("Y","N"),1000,replace = T , prob = c(.3,.7))
SmokerW <- sample(c("Y","N"),1000,replace = T , prob = c(.5,.5))
Smoker <- c(SmokerM,SmokerW)
mydata <- data.frame(Gender,Smoker)
table(mydata$Gender,mydata$Smoker)

接下来逐个解答你的问题：

## 核心问题：RMarkdown文档的默认字体与修改方式

当RMarkdown输出PDF时，底层依赖LaTeX编译，默认字体是**Computer Modern**系列，不同内容对应不同的字体变量：

### 1. mainfont/sansfont/monofont/mathfont 对应的内容、默认值与修改
这四个变量确实存在，分别对应不同类别的输出内容：
- **mainfont**：控制正文、表格、普通段落等衬线文本的字体，默认是 *Computer Modern Roman*。
- **sansfont**：控制无衬线文本（比如部分标题、侧边栏内容，取决于模板）的字体，默认是 *Computer Modern Sans Serif*。
- **monofont**：控制代码块、行内代码的等宽字体，默认是 *Computer Modern Typewriter*。
- **mathfont**：控制文档中数学公式的字体，默认是 *Computer Modern Math*。

#### 修改方法：
要修改这些字体，你需要在YAML头部指定字体名称，同时必须使用支持系统字体的LaTeX引擎（`xelatex` 或 `lualatex`），因为默认的`pdflatex`不支持直接调用系统字体。示例如下：

```yaml
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date : 2018-May-26
output: 
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex  # 必须指定这个才能调用系统字体
title: "Testing Rmarkdown"
mainfont: "Times New Roman"  # 修改正文/表格字体
sansfont: "Arial"            # 修改无衬线字体
monofont: "Courier New"      # 修改代码字体
mathfont: "Latin Modern Math"# 修改数学公式字体
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注意：字体名称必须是你系统中已安装的字体，比如Windows上的"Microsoft YaHei"，Mac上的"PingFang SC"等。

你的示例中正文与表格的字体问题 #

• 正文字体：默认是mainfont对应的 Computer Modern Roman，表格内容和正文使用的是同一套字体（除非你用LaTeX命令单独修改表格字体）。
• 代码块字体：默认是monofont对应的 Computer Modern Typewriter。
• 修改方式：直接按照上面的YAML配置修改对应的mainfont和monofont即可；如果需要单独修改表格字体，可以在R代码块中使用kableExtra等包的LaTeX格式命令，或者在文档中加入LaTeX代码自定义表格环境。

RMarkdown中其他字体内容类别 #

除了上述四类，还有这些常见的字体场景：

• 标题字体：默认基于mainfont的加粗/加大字号，你可以通过LaTeX命令（如\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault}）修改为无衬线或其他字体，部分模板也支持通过YAML变量titlefont配置。
• 脚注字体：默认是缩小版的mainfont，可以通过LaTeX包（如footmisc）调整字体大小和样式。
• 引用/块引用字体：默认和正文一致，可通过CSS（针对HTML输出）或LaTeX命令（针对PDF输出）修改为斜体或其他字体。
• 自定义环境字体：比如定理、证明等学术文档常用的环境，可通过LaTeX包（如amsthm）配置字体样式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user2338823