如何处理Brew Doctor警告及pyenv切换Python版本失效问题？

看起来你遇到的问题主要有两个核心原因：.bash_profile里的pyenv配置顺序错误，以及本地版本设置（.python-version）覆盖了全局版本，另外brew的警告是pyenv正常工作的附带现象，我们一步步来解决：

1. 修复pyenv的shell配置顺序 #

你的.bash_profile里把pyenv的初始化放在了环境变量设置之前，而且重复执行了初始化命令，这会导致pyenv的shims无法正确优先级加载。请按以下步骤修改：

打开你的.bash_profile：

open -e ~/.bash_profile

替换成以下正确的配置（删除重复的初始化命令，调整顺序）：

# 配置pyenv根目录
export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"
# 将pyenv的bin目录加入PATH最前面，确保优先调用pyenv
export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"
# 初始化pyenv，让shims功能生效
if which pyenv > /dev/null; then
  eval "$(pyenv init -)"
fi

保存后，让配置立即生效：

source ~/.bash_profile

2. 取消本地版本设置（关键！） #

从你的pyenv versions输出可以看到：

system
2.7.15
* 3.6.5 (set by /Users/macbookpro/.python-version)

这里的*标记说明当前用户目录下的.python-version文件设置了本地版本3.6.5，而pyenv的版本优先级是：local > global > system，所以不管你怎么设置global，都会优先使用local版本。

解决方法：

# 取消当前用户目录的本地版本设置
pyenv local --unset
# 或者直接删除该文件
rm ~/.python-version

3. 验证版本切换是否生效 #

现在重新设置全局版本并验证：

pyenv global 2.7.15
# 查看当前生效的版本
pyenv version
# 验证python版本
python --version

这时候应该会显示Python 2.7.15了。

4. 处理Brew Doctor的警告 #

brew检测到的/Users/macbookpro/.pyenv/shims/下的python-config脚本，其实是pyenv为了管理版本自动生成的shims文件，这是pyenv正常工作的必要组件。

如果这个警告不影响你的使用，完全可以忽略；如果一定要消除警告，你可以调整PATH顺序，把Homebrew的bin目录放在pyenv前面，但这样会导致Homebrew安装的python优先于pyenv管理的版本，可能违背你使用pyenv的初衷。

另一个可选操作是更新pyenv的shims，确保脚本是最新的：

pyenv rehash

之后再运行brew doctor，警告可能还会存在，但这属于正常现象，不用过度担心。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者bojo