从源码安装RcppArmadillo时提示'RcppArmadillo.h'文件未找到

针对你在MacOS High Sierra + R 3.5.0环境下升级RcppArmadillo遇到的'RcppArmadillo.h' file not found错误，结合你的环境配置，给出以下几个可行的解决步骤：

1. 清理ccache编译缓存 #

你使用了ccache加速编译，旧版本的编译缓存可能保留了错误的头文件路径，导致新版本无法正确定位头文件。执行以下命令清理缓存：

ccache -C

清理完成后，关闭所有R/RStudio实例，重新打开后再尝试执行install.packages("RcppArmadillo")。

2. 修正.R/Makevars的配置格式 #

查看你提供的Makevars内容，发现变量赋值时等号后存在多余空格（比如CXX= ccache /usr/local/clang6/bin/clang++ -Wall），这会导致R的编译系统无法正确解析编译器路径。请修改所有变量的赋值格式，去掉等号后的空格：

F77 = /usr/local/gfortran/bin/gfortran
FC = $F77
FLIBS=-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin16/6.3.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm
CC=ccache /usr/local/clang6/bin/clang
SHLIB_CXXLD=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++ -Wall
CXX1X=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
CXX17=ccache /usr/local/clang6/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib

保存修改后，重启R再尝试安装。

3. 先重装Rcpp再安装RcppArmadillo #

RcppArmadillo依赖Rcpp提供的编译配置，可能旧版Rcpp的配置与新版本RcppArmadillo不兼容。先重装Rcpp：

install.packages("Rcpp")

完成后再执行RcppArmadillo的安装命令。

4. 手动验证头文件路径并安装 #

如果以上步骤都无效，可以手动确认头文件是否存在，并指定路径安装：

1. 在R中执行.libPaths()获取你的R库路径，比如/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library
2. 下载RcppArmadillo的源码包，解压后进入目录，将inst/include下的所有文件复制到上述库路径下的RcppArmadillo/include目录中
3. 回到R中，尝试重新安装或编译你的代码

5. 检查权限问题 #

如果R没有写入系统库目录的权限，可能导致头文件无法正确安装。可以尝试安装到个人用户库：

install.packages("RcppArmadillo", lib = "~/R/library")

之后在R中执行.libPaths(c("~/R/library", .libPaths()))将个人库加入路径，再使用包。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lambda Moses