如何用emmeans包执行指定对比的对比？P值异常问题问询

嘿，我来帮你搞定这个困扰：你想用emmeans做不同时间点的差异之差异检验（也就是处理组差异在两个时间点的差值），但用pairs(LF)得到的所有P值都一模一样，这确实让人头疼。

先给你拆解下原因：从你的输出能看到，每个对比的z统计量绝对值都是1.1左右——比如Baseline和1个月的差异之差异，估计值是-0.157，标准误0.142，比值刚好是-1.1；Baseline和24个月的差异之差异，估计值-4.077，标准误3.693，比值还是-1.1。z统计量完全相同，对应的P值自然就一致了，这是你模型的协方差结构特性导致的，不是代码写错了哦。

接下来给你两种能拿到单独假设检验P值（随估计值变化）的方法：

方法1：直接构造差异之差异的对比 #

不用先做LF再跑pairs，直接在contrast()里定义你需要的差异之差异对比，这样更直接。比如你想检验每个时间点和基线的差异之差异，或者时间点之间的差异之差异，可以这么写：

# 直接定义差异之差异的对比组
diff_diff_contrasts <- contrast(mod_em, list(
  "1个月 vs 基线" = c(-1, 1, 1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0),
  "7个月 vs 基线" = c(-1, 1, 0, 0, 1, -1, 0, 0, 0, 0),
  "13个月 vs 基线" = c(-1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, -1, 0, 0),
  "24个月 vs 基线" = c(-1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, -1),
  "7个月 vs 1个月" = c(0, 0, -1, 1, 1, -1, 0, 0, 0, 0)
))

# 查看结果，关闭多重比较调整（或者按需选调整方法）
summary(diff_diff_contrasts, adjust = "none")

这里的系数逻辑是：比如"1个月 vs 基线"的系数，其实就是(TX1-TX0在基线) - (TX1-TX0在1个月)，刚好对应你要的差异之差异。

方法2：修改pairs()的多重比较设置 #

如果你还是想用pairs(LF)的方式，只需要给它加上adjust="none"参数，关闭多重比较调整，这样每个对比就会基于单独的z检验给出对应的P值：

# 关闭多重比较调整，获得每个对比的单独检验P值
pairs(LF, adjust = "none")

⚠️ 小提醒：关闭多重比较调整会增加一类错误的概率，如果你同时检验多个对比，建议考虑用adjust="bonferroni"这类调整方法，但这样P值会根据检验数量调整，和单独检验的结果会不一样，你可以按需选择。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LucaS