嗨，我来帮你搞定这个问题！要在生成PPT的Rmd文件里给所有图形（不管是R基础绘图还是ggplot2）统一设置透明背景，其实不用逐个图形修改，只需要在knitr的初始化代码块里做两处设置就行，省心又高效。

具体操作步骤： #

• 处理基础绘图（比如plot()、hist()这类原生函数绘制的图）：在knitr::opts_chunk$set()中添加dev.args = list(bg = "transparent")，这会告诉绘图设备生成带透明背景的图片，插入PPT后就能完美适配你的模板背景。
• 处理ggplot2图形：用theme_set()设置全局主题，把绘图区域、面板区域甚至图例的背景都设为透明，这样所有后续的ggplot图都会自动继承这个设置，不用每次手动加theme参数。

把这些整合到你的setup代码块里，修改后的代码如下：

knitr::opts_chunk$set(
  echo=TRUE, 
  results='markup',
  # 给基础绘图指定透明背景
  dev.args = list(bg = "transparent")
)
options(width=80, show.signif.stars=FALSE)

# 加载ggplot2并设置全局透明主题
library(ggplot2)
theme_set(theme_bw() + 
            theme(
              panel.background = element_rect(fill = "transparent"),
              plot.background = element_rect(fill = "transparent", color = NA),
              legend.background = element_rect(fill = "transparent"),
              legend.box.background = element_rect(fill = "transparent")
            ))

小补充： #

• plot.background负责整个绘图区域的背景透明，panel.background是面板内部的背景，加上图例相关的设置是为了避免图例区域出现违和的色块。
• 因为你输出的是PPT，knitr默认会把图形转成图片插入，这个方法完全适配这种输出格式，不用担心兼容性问题。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者striatum