从PostGIS导入GIS数据到Cytoscape 3.6，如何添加自定义路径成本指标？

当然可以添加自定义的路径成本指标到你的SIF数据里！作为经常用Cytoscape处理空间网络的人，给你分享两种靠谱的实现方式，都是Cytoscape 3.6完全支持的：

方法1：SIF文件 + 独立边属性文件（推荐） #

这是最规范的做法，标准SIF负责定义节点和连接关系，属性（比如路径成本、入度出度）放在单独的属性文件里，逻辑清晰还不容易出错：

1. 保留你的基础SIF结构，格式还是你现在用的：

   source_point	interacts with	target_point
   source_point2	interacts with	target_point2
   ...
   

   划重点：这里的分隔符必须是制表符，别用空格代替，Cytoscape对这个特别敏感。

2. 创建边属性文件，比如命名为edge_costs.attrs，格式如下：

   #EdgeAttributes
   interacts with (source_point,target_point)	PathCost	DOUBLE	12.5
   interacts with (source_point2,target_point2)	PathCost	DOUBLE	8.3
   interacts with (source_point2,target_point3)	PathCost	DOUBLE	20.1
   

   • 第一行必须写#EdgeAttributes，告诉Cytoscape这是边属性文件
   • 每一行的规则：[交互类型] ([源节点名],[目标节点名]) [属性名称] [数据类型] [属性值]
     • 数据类型选你需要的：DOUBLE（带小数的成本）、INTEGER（整数成本）、STRING（如果是文本类指标）都可以
     • PathCost是自定义的属性名，你可以改成RouteCost或者任何你觉得好记的名字

3. 导入步骤：

   • 先导入你的SIF文件，节点和边会正常加载出来
   • 然后通过File → Import → Network from File选择这个.attrs文件，Cytoscape会自动把属性匹配到对应的边上

方法2：直接在SIF里嵌入属性（更快捷） #

如果你嫌单独建属性文件麻烦，Cytoscape 3.6也支持扩展版的SIF格式，直接在第三列后面加属性：

source_point	interacts with	target_point	PathCost=12.5
source_point2	interacts with	target_point2	PathCost=8.3

• 多个属性可以用制表符分隔，比如想同时加出入度的话：source_point interacts with target_point PathCost=12.5 InDegree=2 OutDegree=5
• 直接导入这个SIF文件就行，Cytoscape会自动识别这些属性并添加到边的属性面板里

小彩蛋：入度出度不用手动导出！ #

其实你不用在PostGIS里提前计算入度和出度，Cytoscape可以自动帮你算：

• 导入网络后，点击顶部菜单Tools → Network Analysis → Analyze Network
• 在弹出的窗口里勾选In-degree和Out-degree，点OK就行，Cytoscape会自动给每个节点计算并添加上这两个属性，省了不少导出的功夫～

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Dave