我之前在OS X 10.11上碰到过几乎一模一样的状况，折腾了好一阵才理顺，给你几个实用的排查和解决方向：

• 先确认虚拟环境是否真的激活生效
  有时候终端前缀显示(venv)看起来激活了，但shell缓存或环境变量可能没同步更新，导致你调用的还是系统级的pip。执行以下命令验证：

  which pip
  

  如果输出是/usr/bin/pip或者/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin/pip这类系统路径，说明虚拟环境没真正生效。可以试试：

  • 退出当前shell重新打开，再激活虚拟环境
  • 直接用虚拟环境内pip的绝对路径执行安装，比如：

    ./your_venv_name/bin/pip install pandas
    

• 检查虚拟环境依赖的Python版本
  你提到用Homebrew装了Python，但可能系统默认Python还是自带的2.7，导致创建虚拟环境时用的是系统版本而非brew版本：

  1. 先确认默认Python是不是brew的版本：

     which python
     

     如果输出不是/usr/local/bin/python，说明brew的Python没设为默认。可以把brew的Python路径加到shell配置文件（.bash_profile或.zshrc）最前面：

     echo 'export PATH="/usr/local/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile
     source ~/.bash_profile
     

  2. 重新创建虚拟环境，确保基于brew的Python：

     python -m virtualenv your_new_venv
     source your_new_venv/bin/activate
     

     再执行which pip确认路径是虚拟环境内的，之后再安装pandas。

• 关于--user参数的错误说明
  在虚拟环境中，pip默认就是把包安装到当前虚拟环境的隔离目录里，完全不需要加--user参数——这个参数是给全局Python用的，用来在用户目录下安装包规避权限问题。虚拟环境里用--user会和虚拟环境的prefix设置冲突，所以必然报错，直接去掉这个参数就行。

• 系统SIP限制的影响
  OS X 10.11开始启用了系统完整性保护（SIP），会严格限制修改/System/Library下的内容，这就是你全局安装时出现权限错误的原因。但正常激活的虚拟环境完全不会碰这个目录，所以核心问题还是虚拟环境没有正确隔离系统Python。

按照上面的步骤一步步排查，应该能解决你的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Henry Soule