Snakemake仅输出用wildcard：如何处理1至n个不可预知分块文件？

这个需求的核心难点是分块数量n不可预知，所以我们需要让Snakemake先获取分块数，再动态生成后续任务。下面是具体的实现步骤：

1. 先搞定分块拆分的规则 #

首先写一个规则来执行你的拆分脚本，同时让它输出一个记录分块总数的文件（比如num_chunks.txt），这样Snakemake就能知道要处理多少个分块了。

rule split_large_file:
    input:
        large_file="path/to/your/large_input.txt"
    output:
        # 用通配符匹配所有分块文件，同时输出分块数记录文件
        chunks=expand("chunk_{chunk_id}.txt", chunk_id=lambda wc: range(1, int(open("num_chunks.txt").read().strip())+1)),
        num_chunks="num_chunks.txt"
    shell:
        """
        # 调用你的拆分脚本，假设脚本会生成chunk_1.txt到chunk_n.txt
        python your_split_script.py {input.large_file}
        
        # 统计生成的分块数量并写入num_chunks.txt
        ls chunk_*.txt | wc -l > {output.num_chunks}
        """

这里要注意：如果你的拆分脚本本身可以输出分块数，那直接让它写入num_chunks.txt会更可靠，避免用ls统计可能出现的误差。

2. 编写分块处理的规则 #

接下来写处理单个分块的规则，用通配符chunk_id来匹配每个分块：

rule process_chunk:
    input:
        chunk="chunk_{chunk_id}.txt"
    output:
        processed="processed_chunk_{chunk_id}.txt"
    shell:
        """
        # 调用你的后续处理脚本，传入单个分块文件
        python your_process_script.py {input.chunk} {output.processed}
        """

3. 定义总规则来触发所有任务 #

最后写一个all规则，让它依赖所有处理后的分块文件，这样Snakemake就会自动遍历所有分块执行处理：

import os

def get_processed_chunks():
    # 读取分块数，生成所有处理后文件的路径
    if os.path.exists("num_chunks.txt"):
        n = int(open("num_chunks.txt").read().strip())
        return expand("processed_chunk_{chunk_id}.txt", chunk_id=range(1, n+1))
    else:
        # 如果分块数文件还没生成，先返回空，Snakemake会先执行split_large_file
        return []

rule all:
    input:
        get_processed_chunks()

关键细节说明 #

• 动态通配符范围：通过读取num_chunks.txt来获取分块数，这样即使n是不可预知的，Snakemake也能动态生成任务。
• 执行顺序：Snakemake会先执行split_large_file生成分块和num_chunks.txt，然后才会执行all规则对应的所有process_chunk任务。
• 通配符类型：如果你的分块编号是整数，可以在Snakemake开头加上wildcard_constraints: chunk_id=r'\d+'，确保只匹配数字编号的分块。

这样整个流程就跑通了：先拆分大文件得到所有分块，再逐个处理每个分块~

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Parsa