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Debian系Linux Mint 18.2更新R遇阻:sources.list配置及依赖问题

解决Linux Mint 18.2 Sonya下R版本更新及fivethirtyeight包安装问题

咱们一步步来搞定这个头疼的问题——Linux Mint 18.2 Sonya基于Ubuntu Xenial(16.04),这是关键!你之前的错误大多是因为源配置搞错了系统版本,加上密钥导入方式不对,导致连锁问题。

1. 清理并重建正确的sources.list配置

首先备份你当前的源文件,避免搞砸了没法恢复:

sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak

然后用文本编辑器(比如nano)打开源文件:

sudo nano /etc/apt/sources.list

清空原有内容,替换成下面的配置(注意所有Ubuntu源用xenial,这是Mint 18.2对应的Ubuntu版本,CRAN源用适配xenial的cran40分支):

# Linux Mint Sonya官方源
deb http://packages.linuxmint.com sonya main upstream import backport
# Ubuntu Xenial基础源及更新、安全源
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu xenial main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-updates main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-backports main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-security main restricted universe multiverse
deb http://archive.canonical.com/ubuntu/ xenial partner

# CRAN R官方源(适配Ubuntu Xenial)
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran40/

Ctrl+O保存,Ctrl+X退出编辑器。

2. 正确导入CRAN的GPG密钥

你之前遇到的NO_PUBKEY FCAE2A0E115C3D8A错误,是因为CRAN的cran40源用了新密钥。用下面的命令导入,比直接用apt-key adv更可靠:

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key FCAE2A0E115C3D8A && gpg --export --armor FCAE2A0E115C3D8A | sudo apt-key add -

如果遇到密钥服务器连接超时,多试几次,或者换个服务器比如hkp://keyserver.ubuntu.com:80

3. 更新源并安装最新R版本

先更新本地包索引:

sudo apt-get update

这时候应该不会再出现404错误和密钥缺失提示了。接下来安装最新的R(会自动安装到R 4.x版本,完全满足fivethirtyeight包的版本要求):

sudo apt-get install r-base r-base-dev

如果安装时提示依赖未满足,先修复依赖:

sudo apt-get -f install

修复完成后再重新执行R的安装命令。

4. 修复RStudio无法打开的问题

旧版本的RStudio可能不兼容新安装的R,你需要下载适配Ubuntu Xenial的RStudio版本(推荐1.4.x系列,因为它支持R 4.x):

  • 下载对应.deb包后,用下面的命令安装:
sudo dpkg -i rstudio-*.deb

如果出现依赖错误,同样用sudo apt-get -f install修复即可。

5. 安装fivethirtyeight包

打开更新后的R,执行下面的命令就能顺利安装了:

install.packages("fivethirtyeight")

为什么之前会出错?

  • 源配置错误:你把Mint的版本号sonya写到了Ubuntu的源里,但Ubuntu没有这个版本,导致404和Release文件缺失错误;同时CRAN源也没对应到正确的Ubuntu版本,导致系统找不到合适的R包。
  • 密钥导入失败:直接用apt-key adv可能因为网络或服务器问题导致密钥导入不完整,用gpg导出再添加的方式更稳定。
  • 依赖问题:源错误导致系统无法找到满足R安装要求的依赖包版本,自然安装失败。

内容的提问来源于stack exchange,提问作者kchalk

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