运行read_fast5_basecaller.py遇AttributeError：h5py.tests.old无MODULES属性

从你贴的报错栈来看，这个问题完全是h5py版本与你使用的旧测序工具（albacore、ont_fast5_api）不兼容导致的，不用额外安装什么"old模块"，直接降级h5py到兼容的旧版本就能解决。

问题根源 #

新版本的h5py（3.0及以上）重构了内部测试模块的结构，移除了h5py.tests.old.MODULES这个属性，但你依赖的albacore和ont_fast5_api都是比较老旧的工具，它们的代码还在引用这个已经被移除的属性，所以才会抛出这个AttributeError。

具体解决方案 #

• 降级h5py到2.x系列的稳定版本，比如2.10.0，这个版本和旧测序工具兼容性很好：

  # 确保用的是你当前环境的pip，比如你指定的/home/kokep/bin环境
  /home/kokep/bin/bin/pip install h5py==2.10.0
  

• 验证安装结果：运行下面的命令确认h5py版本已降级：

  /home/kokep/bin/bin/python -c "import h5py; print(h5py.__version__)"
  

• 之后再重新运行read_fast5_basecaller.py，应该就能正常启动了。

额外提醒 #

如果你之前是全局安装的h5py，建议用虚拟环境隔离依赖，避免影响其他工具的使用。不过从你的路径来看，你已经在用独立的python环境（/home/kokep/bin），直接在这个环境里降级就没问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者bison72