我之前也碰到过类似的环境依赖问题，结合你的环境信息（Ubuntu 16.04、Python 3.6.5、Anaconda 3.4.5.2、仅CPU，conda安装的Caffe2），这个错误大概率是ONNX版本不兼容或者模块安装不完整/路径冲突导致的，给你一步步排查解决的方案：

1. 先排查当前ONNX的安装状态 #

首先确认你的conda环境里ONNX的版本和安装来源，运行以下命令：

conda list | grep onnx
# 或者用pip检查
pip show onnx

你遇到的ImportError: cannot import name 'checker'和ModuleNotFoundError: No module named 'onnx.checker'，通常是因为：

• 安装的ONNX版本太老（比如0.x版本），那时checker模块的结构和现在不同；
• conda安装的Caffe2自带的ONNX依赖不完整；
• PYTHONPATH设置导致caffe2自带的onnx子模块覆盖了全局的ONNX模块。

2. 卸载并重新安装兼容的ONNX版本 #

因为你用的是Python 3.6（比较老的版本），建议安装适配的ONNX稳定版本（比如1.6.0或1.7.0，这两个版本支持Python 3.6）：

步骤： #

1. 先卸载现有ONNX：

   # 如果是conda安装的，用这个
   conda remove -y onnx
   # 如果是pip安装的，用这个
   pip uninstall -y onnx
   

2. 用pip重新安装指定版本（优先用pip，conda源的ONNX版本可能匹配度不好）：

   pip install onnx==1.6.0 --no-cache-dir
   

   加--no-cache-dir是为了避免之前缓存的不完整安装包导致问题。

3. 调整PYTHONPATH，避免模块冲突 #

你手动设置的PYTHONPATH指向了caffe2/python目录，这可能会导致caffe2目录下的onnx子模块覆盖环境中全局安装的ONNX模块，进而引发导入错误。

测试方法： #

临时取消PYTHONPATH设置，然后测试导入：

unset PYTHONPATH
# 进入Python交互环境
python

在Python里运行：

import onnx.checker
import caffe2.python.onnx.frontend

如果这两个导入都成功，说明就是PYTHONPATH的问题。正常情况下，conda环境中安装的Caffe2不需要手动设置PYTHONPATH，conda会自动处理环境变量，所以建议移除这个手动设置的PYTHONPATH（可以修改~/.bashrc或者环境的activate脚本去掉相关设置）。

4. 验证ONNX安装完整性 #

安装完成后，检查site-packages里的ONNX目录是否有完整的模块：

ls /home/username/WorkStuff/anaconda3/envs/testcaffe/lib/python3.6/site-packages/onnx/

你应该能看到checker.py、defs.py、helper.py，以及protobuf生成的GraphProto.py、TensorProto.py等文件。如果缺失这些文件，说明安装不完整，重新执行步骤2的pip安装命令即可。

5. 测试转换脚本 #

完成以上步骤后，再运行你拿到的转换脚本，应该就能正常导入模块了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Paulius Pocius