Snakemake未执行bash命令：RNA-seq质控管道无任务执行排查

遇到这种情况我太熟悉了！核心问题出在你的rule all定义上——你把它的输入设成了原始的测序文件，而这些文件已经以符号链接的形式存在于目录里了。Snakemake的逻辑是：只要rule all指定的所有目标文件都已经存在，它就会认为"没活可干"，自然不会触发下游的fastp规则。

具体修改方案 #

你需要把rule all的目标改成fastp规则生成的输出文件，也就是out/目录下那些带.good后缀的文件。这样Snakemake才会检查这些输出是否存在，如果不存在就自动运行fastp去生成它们。

修改后的完整代码如下：

SAMPLES = ['ZN21_S1', 'ZN22_S2','ZN27_S3', 'ZN28_S4', 'ZN29_S5' ,'ZN30_S6']

rule all:
    # 把目标换成fastp的输出文件
    input: expand("out/SVA-{sample}_L001_R{read_no}.fastq.gz.good", sample=SAMPLES, read_no=['1', '2'])

rule fastp:
    input: 
        reads1="SVA-{sample}_L001_R1.fastq.gz", 
        reads2="SVA-{sample}_L001_R2.fastq.gz"
    output: 
        reads1out="out/SVA-{sample}_L001_R1.fastq.gz.good", 
        reads2out="out/SVA-{sample}_L001_R2.fastq.gz.good"
    shell: "fastp -i {input.reads1} -I {input.reads2} -o {output.reads1out} -O {output.reads2out}"

额外小提示 #

• 运行前可以先用snakemake -n做"干运行"，它会告诉你Snakemake计划执行哪些规则，帮你提前验证逻辑是否正确。
• 如果out/目录还不存在，最好在fastp规则里加上创建目录的步骤，避免报错：

  "mkdir -p out/ && fastp -i {input.reads1} -I {input.reads2} -o {output.reads1out} -O {output.reads2out}"
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Leandro Boralli