Eclipse EGit合并时丢弃变更的问题排查与求助

我本来打算在谷歌搜索排名第一的那个Git相关问题下回复，但想了想还是开个新问题更合适——毕竟Stack Overflow不是论坛，得保持问题的独立性。

分支状态示意图（已替换真实提交信息） #

追踪所有提交记录后，我定位到问题出在同事的最后一次合并提交（图里最顶部的那次），但具体原因还是摸不着头脑——同事那次大提交和冲突文件提交之间的所有变更都凭空消失了。

图里的分支线条含义：

• 绿色线条：同事的本地分支
• 橙棕色线条：hotfix分支
• 蓝色线条：我的分支

先说说我的操作流程：
我解决了cb2ff5f提交的冲突后，合并了hotfix分支的变更，还顺便更新了对应文件的版本号。

与此同时，同事一直在开发新内容，他的工作区处于dirty state（未提交的本地修改状态）。我告诉他我已经合并了他的变更，让他拉取远程分支，但他本地的脏文件和包含我合并操作的远程分支产生了冲突，没法直接拉取。他用的是Eclipse EGit作为Git客户端，当时Eclipse弹出了三个选项：重置文件（丢弃本地变更）、暂存或提交。他选了提交，也就是3c684e1这次提交（但还有其他文件依然处于脏状态）。可之后他做的最终合并提交，居然把远程分支的所有变更都丢了——包括我之前的合并提交内容。

这难道是Eclipse EGit的Bug吗？我实在想不出其他可能性了。

更新1：诡异的日志与实际文件不符 #

我发现了一个有意思的现象：执行git log -p 3c684e1 12ab983和git log -p 8095107 12ab983时，日志输出显示我的提交变更已经被正确合并了，但当我执行git checkout 12ab983切换到这个提交后，那些变更却根本不存在——感觉Git像是在“撒谎”一样。

更新2：复现尝试的结果 #

我试着复现这个问题：

• 从提交8095107创建本地分支branch_mine
• 从同事在我解决冲突前的大提交137be26创建branch_other
• 还原同事的操作流程：修改部分文件让工作区处于脏状态，尝试合并branch_mine时Eclipse提示冲突，提交冲突文件后再合并，这次合并成功且没有冲突，我的变更也完好保存在新的合并提交里。

所以问题肯定出在同事那边，但我还是不确定具体原因，很担心以后再遇到同样的情况。会不会是文件系统同步的问题？另外值得一提的是，他虽然用EGit作为Git客户端，但实际是在Visual Studio Code里写代码，会不会是这两个工具之间的同步出了问题，导致合并提交异常？

内容的提问来源于stack exchange，提问作者lordscales91