如何基于另一文件列值实现文件行过滤（含多匹配行处理）

我现在需要处理两个文本文件，实现特定规则的过滤，具体情况如下：

输入文件说明 #

File1.txt #

文件内容是空格分隔的连续记录，每个记录包含位置（第1、2列）及关联碱基值，内容如下：

1 20 A G 4 400 T C 1 12 A T 2 500 G C

（每条完整记录为4个字段，比如1 20 A G是一条独立记录）

File2.txt #

包含部分与File1相同的位置，可能存在重复位置的行，第一行是表头，内容如下：

#CHR POS Count_A Count_C Count_G Count_T
1 20 0 18 2 0
4 400 0 0 0 1
1 12 0 7 0 40
4 400 0 1 0 1
5 50 16 0 0 0
2 500 9 0 4 0

过滤规则 #

我需要输出File1.txt的过滤版本，排除同时满足以下两个条件的记录：

1. 记录的位置（第1+2列）与File2.txt中的某行位置匹配；
2. File2.txt中对应File1.txt第4列碱基的Count_*列数值>0。

注：只要File2.txt中有任意一行满足上述条件，就需要排除File1.txt中对应位置的记录。比如示例里最终只有2 500 G C这条记录会被保留。

现有尝试 #

我之前用Python实现过基于单列值的文件过滤，代码如下：

f2 = open('file2.txt', 'r')
d2 = {}
for line in f2.split('\n'):
    line = line.rstrip()
    fields = line.split("\t")
    key = (fields[0], fields[1])
    d2[key] = int(fields[2])

f1 = open('file1.txt', 'r')
for line in file1.split('\n'):
    line = line.rstrip()
    fields = line.split("\t")
    key = (fields[0], fields[1])
    if d2[key] > 1000:
        print(line)

但现在不知道怎么实现这种动态匹配碱基列的条件过滤，想寻求可行的解决方案，不限编程语言。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user964689