CentOS6无权限下解决__vdso_clock_gettime符号未定义的GLIBC报错

首先咱们先把问题根源捋清楚：你之前把新版glibc装到个人目录后，大概率是修改了LD_LIBRARY_PATH环境变量，让系统优先加载你个人目录里的glibc。但系统自带的librt.so.1（版本2.12）依赖旧版glibc的私有符号__vdso_clock_gettime，而新版glibc没有这个私有符号，直接导致了链接错误。

第一步：确认程序实际加载的库路径 #

先搞明白conda/python到底在调用哪个libc.so.6和librt.so.1，执行这条命令就能一目了然：

ldd /public/home/liuxs/anaconda3/bin/python | grep -E "(libc.so.6|librt.so.1)"

如果输出里出现你个人目录的glibc路径，那就能实锤是环境变量导致的库优先级混乱问题。

解决方案（按优先级尝试） #

1. 重置环境变量，恢复系统库优先级 #

首先检查你的~/.bashrc、~/.bash_profile这类登录配置文件，有没有添加过类似下面的行：

export LD_LIBRARY_PATH=/你的个人glibc目录/lib:$LD_LIBRARY_PATH

把这些行注释掉或者直接删除，然后重新登录终端，或者临时执行以下命令快速恢复：

# 清空LD_LIBRARY_PATH，让系统使用默认库路径
unset LD_LIBRARY_PATH
# 或者手动指定系统默认库路径，确保优先级最高
export LD_LIBRARY_PATH=/lib64:/lib:$LD_LIBRARY_PATH

之后再测试conda和python命令，看是否恢复正常。

2. 强制让conda使用自带的兼容库 #

如果重置环境变量没用，说明可能有残留的链接缓存，可以强制让conda加载自己sysroot目录下的CentOS 6兼容库：

• 先临时测试是否有效：

LD_PRELOAD=/public/home/liuxs/anaconda3/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libc.so.6:/public/home/liuxs/anaconda3/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/librt.so.1 /public/home/liuxs/anaconda3/bin/python

如果这条命令能正常进入python交互环境，就把这个设置永久化：
编辑~/.bashrc，添加以下别名配置：

alias python='LD_PRELOAD=/public/home/liuxs/anaconda3/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libc.so.6:/public/home/liuxs/anaconda3/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/librt.so.1 /public/home/liuxs/anaconda3/bin/python'
alias conda='LD_PRELOAD=/public/home/liuxs/anaconda3/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libc.so.6:/public/home/liuxs/anaconda3/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/librt.so.1 /public/home/liuxs/anaconda3/bin/conda'

执行source ~/.bashrc让设置生效，之后直接用python和conda命令即可。

3. 重装Anaconda到干净环境 #

如果上面的方法都解决不了，建议备份当前的anaconda目录后删除，重新下载适配CentOS 6的Anaconda版本（注意选择标注cos6的安装包），安装时不要修改任何系统库相关的配置，安装完成后直接使用，彻底避免和之前手动安装的glibc产生冲突。

后续避坑提示：个人目录安装glibc的正确姿势 #

以后如果确实需要新版本glibc，千万不要全局修改LD_LIBRARY_PATH，可以用以下两种方式隔离，避免影响系统其他程序：

• 仅在运行特定程序时临时加载个人glibc：

LD_LIBRARY_PATH=/你的个人glibc/lib:/你的个人glibc/lib64 ./your_target_program

• 用patchelf工具修改程序的rpath，让它优先加载个人目录的库（完全不影响其他程序）：

patchelf --set-rpath /你的个人glibc/lib:/你的个人glibc/lib64 ./your_target_program

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shixiang Wang