Python2.7与3.6环境下Biopython导入Seq报错的解决求助

问题根源 #

你遇到的这个ImportError是典型的模块命名冲突导致的循环导入问题。从报错信息里能看到关键线索：

File "/home/tanuj/Desktop/biopython/scripts-test/string.py", line 1, in <module>
    from Bio.Seq import Seq

当Biopython的Bio.Seq模块尝试导入Python标准库的string模块时，Python会优先加载你当前工作目录下的string.py文件（而不是系统标准库的string模块）。但你自己的string.py里又写了from Bio.Seq import Seq，这就形成了死循环：Bio.Seq需要string，你的string.py需要Bio.Seq，最终导致无法正确加载Seq类。

解决方案 #

1. 重命名你的自定义文件：把当前目录下的string.py改成一个不会和标准库/第三方库重名的名字，比如my_sequence_utils.py。
2. 清理残留的字节码文件：如果目录下有string.pyc文件（Python生成的编译后的字节码），一定要删除它，否则Python可能还是会加载旧的缓存文件。
3. 重新运行脚本：做完上面两步后，再执行你的代码，应该就能正常导入Seq并运行了。

注意事项 #

以后写Python代码时，一定要避免给自己的脚本文件起和Python标准库模块（比如string、sys、os）或者第三方库模块相同的名字，这种命名冲突很容易引发类似的导入错误，排查起来还容易走弯路。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tanuj Sharma