嘿，我帮你搞定这个需求啦！下面是调整后的代码，能完美实现用红色边框高亮所有Effect为'B'的Taxon，同时确保边框颜色的顺序完全符合你的预期：

# 构造数据框
df <- data.frame(
  Taxon = c("A", "B", "C"),
  Counts = c(0.1, 0.5, 0.4),
  Treatment = rep("X1", 3),
  Effect = factor(c("A", "B", "A"))
)

# 设定Effect为有序因子，明确levels顺序
df$Effect <- factor(df$Effect, levels = c("A", "B"), ordered = TRUE)

# 绘制堆叠柱状图，调整边框颜色映射
ggplot() +
  geom_bar(
    data = df,
    aes(x = Treatment, y = Counts, fill = Taxon, colour = Effect),
    stat = "identity",
    position = "fill",
    width = 0.5,
    size = 1.2  # 可选：增大边框宽度让高亮更明显
  ) +
  scale_fill_manual("", values = c("gold", "green", "yellow")) +
  scale_color_manual(
    "",
    values = c("A" = "black", "B" = "red"),  # 明确绑定Effect水平与颜色，避免顺序混乱
    breaks = c("A", "B")  # 保持图例顺序和设定的因子levels一致
  )

关键调整说明： #

• 明确颜色绑定：在scale_color_manual里用"A" = "black", "B" = "red"的键值对形式指定颜色，彻底避免因因子顺序变化导致颜色错位的问题，确保Effect为"B"的Taxon一定显示红色边框。
• 固定图例顺序：通过breaks = c("A", "B")让图例的显示顺序和你设定的Effect因子levels完全匹配，符合视觉预期。
• 增强高亮效果：额外添加size = 1.2参数增大边框宽度，让红色高亮的效果更显眼，你可以根据自己的需求调整这个数值。

运行这段代码后，你会看到Taxon B的边框是红色，Taxon A和C的边框是黑色，完全符合你的需求~

内容的提问来源于stack exchange，提问作者nouse