当然可以实现！这种对主应用和插件Jar包同时混淆且保留目录结构的需求，在Java应用场景里挺常见的，我给你梳理下可行的方案和注意事项：

推荐工具与实现方案 #

ProGuard（开源主流选择） #

ProGuard是Java生态中最常用的开源混淆工具，完全支持多Jar包输入并保留原始目录结构，你只需要在配置文件中做好以下设置：

1. 指定输入与输出路径
   在ProGuard配置文件（比如proguard.cfg）中，同时声明主Jar包和plugins目录下的所有Jar包作为输入，并指定输出目录来保留结构：

   # 指定主应用Jar包，排除签名文件避免混淆后失效
   -injars {filename}-jar-with-dependencies.jar(!META-INF/**)
   # 指定plugins目录下的所有Jar包，保留相对路径
   -injars plugins/*.jar(!META-INF/**)
   # 输出到obfuscated目录，自动保留原始目录结构
   -outjars ./obfuscated/
   # 基于当前目录解析相对路径
   -basedirectory .
   

2. 保留必要的入口与公共接口
   混淆会重命名类、方法和变量，所以必须明确保留那些不能被混淆的部分：

   • 对于JavaFX主应用，要保留启动类和入口方法：

     -keep class com.yourpackage.YourFXMainClass {
         public static void main(java.lang.String[]);
         public void start(javafx.stage.Stage);
     }
     

   • 对于插件，要保留插件的公共接口和必要的加载方法（比如主应用用来识别插件的接口）：

     # 保留插件接口的所有内容
     -keep interface com.yourplugin.api.PluginInterface { *; }
     # 保留实现该接口的类的构造方法和初始化方法
     -keep class * implements com.yourplugin.api.PluginInterface {
         public <init>();
         public void init();
     }
     

3. 添加依赖库
   别忘了加入JavaFX库和JDK核心库作为参考，避免ProGuard误混淆系统类：

   # JavaFX库路径根据你的环境调整
   -libraryjars /path/to/javafx-sdk/lib/*.jar
   # JDK核心库（模块化环境下可改用-modulepath）
   -libraryjars ${java.home}/lib/rt.jar
   

Allatori（配置更直观的商业工具） #

如果你觉得ProGuard的配置有点繁琐，Allatori是个不错的替代选择，它的XML配置文件可以直接指定每个输入Jar对应的输出路径，完美保留目录结构：

<config>
    <input>
        <!-- 主应用Jar的输入输出 -->
        <jar in="{filename}-jar-with-dependencies.jar" out="obfuscated/{filename}-jar-with-dependencies.jar"/>
        <!-- Plugins目录下的Jar，直接映射到输出目录的对应位置 -->
        <jar in="plugins/plugin-1.jar" out="obfuscated/plugins/plugin-1.jar"/>
        <jar in="plugins/plugin-2.jar" out="obfuscated/plugins/plugin-2.jar"/>
    </input>

    <!-- 保留规则，和ProGuard逻辑一致 -->
    <keep>
        <class name="com.yourpackage.YourFXMainClass" methods="public static void main(java.lang.String[])"/>
        <class name="com.yourpackage.YourFXMainClass" methods="public void start(javafx.stage.Stage)"/>
        <class name="com.yourplugin.api.PluginInterface" all="true"/>
    </keep>
</config>

关键注意事项 #

• 备份原始文件：混淆前一定要备份所有原始Jar包，避免混淆过程中出现错误导致文件损坏。
• 充分测试：混淆完成后，务必测试主应用能否正常加载混淆后的插件，检查所有功能是否正常运行，重点排查ClassNotFoundException、NoSuchMethodError这类因混淆导致的错误。
• 重新签名：如果你的Jar包需要数字签名，混淆后必须重新签名，因为混淆会修改字节码，原签名会失效。
• 依赖一致性：确保主Jar包和插件Jar包的依赖版本一致，避免混淆后出现依赖冲突。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Regina Shavaleeva