如何基于宽度对R语言Chord Diagram的扇区进行排序？

嘿，这个需求完全可以实现！circlize包其实提供了直接控制扇区顺序的参数，核心就是手动指定扇区的顺时针排列顺序——默认情况下扇区会按数据出现顺序或字母排序，我们只需要先计算每个扇区的宽度（也就是对应节点的关联总和），再按照你的需求自定义排序规则即可。

具体步骤和代码示例 #

假设你的数据是类似这样的关联数据框（包含from和to列）：

library(circlize)

# 模拟你的关联数据
df <- data.frame(
  from = sample(c("N/A", "Dean", "Aaron", "Malcolm", "Jay", "Alice", "Bob"), 100, replace = TRUE),
  to = sample(c("N/A", "Dean", "Aaron", "Malcolm", "Jay", "Alice", "Bob"), 100, replace = TRUE)
)

1. 计算每个扇区的宽度（关联总和）

首先我们需要统计每个名称对应的总关联次数，这就是扇区宽度的来源：

# 统计所有节点的出现次数（from和to列都要纳入计算）
sector_sizes <- table(c(df$from, df$to))
# 转成数据框方便后续排序处理
sector_sizes_df <- as.data.frame(sector_sizes)
colnames(sector_sizes_df) <- c("sector", "size")

2. 自定义扇区顺序

按照你的需求，下半部分扇区要以N/A为首，之后按宽度降序排列（Dean、Aaron、Malcolm……Jay）。我们可以拆分上半部分和下半部分的扇区，分别定义顺序：

# 定义你想要放在下半部分的扇区
target_lower_sectors <- c("N/A", "Dean", "Aaron", "Malcolm", "Jay")

# 处理下半部分的顺序：N/A排第一，剩下的按宽度降序
lower_sectors_order <- c(
  "N/A",
  # 筛选下半部分除N/A外的扇区，按size降序提取名称
  sector_sizes_df %>% 
    filter(sector %in% setdiff(target_lower_sectors, "N/A")) %>% 
    arrange(desc(size)) %>% 
    pull(sector)
)

# 处理上半部分的扇区：剩下的扇区也可以按宽度降序排列（你也可以自定义其他规则，比如字母序）
upper_sectors <- setdiff(sector_sizes_df$sector, target_lower_sectors)
upper_sectors_order <- sector_sizes_df %>% 
  filter(sector %in% upper_sectors) %>% 
  arrange(desc(size)) %>% 
  pull(sector)

# 合并成完整的扇区顺序：上半部分 + 下半部分（circlize默认顺时针从3点钟方向开始排列）
custom_order <- c(upper_sectors_order, lower_sectors_order)

3. 按自定义顺序绘制弦图

最后调用chordDiagram()时，通过order参数传入我们定义好的顺序即可：

# 先清除之前的circlize布局（避免冲突）
circos.clear()

# 可选：调整起始角度，让上半部分和下半部分的划分更直观
# start.degree=90 表示从12点钟方向开始顺时针排列，这样前半部分扇区会在上半圆
circos.par(start.degree = 90)

# 绘制弦图，指定自定义顺序
chordDiagram(df, order = custom_order)

关键说明 #

• chordDiagram()的order参数是核心，它接受一个字符向量，严格按这个向量的顺序顺时针排列扇区。
• 如果你的扇区宽度是手动指定的（不是从数据自动计算），只需要把指定的宽度数据替换上面的sector_sizes_df即可，排序逻辑完全一致。
• 如果你只想调整下半部分的顺序，上半部分保持默认，只需要把上半部分的顺序换成默认排序（比如sort(upper_sectors)）就行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者superasiantomtom95