关于geomorph包读取TPS数据时负数值被转为NA的原因咨询

我来帮你拆解这个问题——当用geomorph包的readland.tps()读取TPS文件时，负数坐标被转换成NA，核心原因和两个关键点有关：

1. TPS格式的传统约定 #

传统的TPS文件（比如用TPSdig工具生成的）是基于图像像素坐标设计的，像素坐标的原点在图像左上角，X、Y轴的数值都是非负的。readland.tps()的默认逻辑遵循了这个传统规范，所以当遇到负数坐标时，会直接判定为无效值，自动转为NA。

2. 函数的默认参数设置 #

readland.tps()有一个默认参数negNA = TRUE，这个参数的作用就是将负数坐标转换为NA。这是函数为了兼容传统TPS文件的标准格式而设置的默认行为，避免不符合规范的坐标干扰后续的形态学分析。

解决办法 #

只需要在调用readland.tps()时，手动将negNA参数设置为FALSE，就能保留负数坐标，不会被转为NA：

install.packages("geomorph")
library(geomorph)
# 修改negNA参数为FALSE，保留负数坐标
LM1 <- readland.tps("LM1.TPS", specID = "ID", negNA = FALSE)

如果你的TPS文件是由非TPSdig的工具生成的（比如坐标原点设在图像中心，允许正负坐标），这个设置就完全适用，能正常读取所有坐标值。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者T.P.