我之前也碰到过一模一样的情况！确实是开机启动阶段系统还没完成网络驱动器的映射/连接，导致ClickOnce没法访问更新源的文件，直接跳过更新检查就启动了。下面给你几个亲测有效的解决思路：

• 延迟启动，给网络驱动器留足加载时间
  别直接把ClickOnce的启动项塞进注册表，写个简单的批处理脚本先等一等，再启动应用。比如：

  :: 最多等待30秒，让网络驱动器就绪
  timeout /t 30 /nobreak >nul
  :: 替换成你ClickOnce应用的实际启动路径（.appref-ms文件）
  start "" "C:\Users\YourName\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\YourAppFolder\YourApp.appref-ms"
  

  然后把这个批处理的快捷方式加到开机启动项，或者把注册表HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run里的原路径改成指向这个批处理文件就行。

• 把映射驱动器换成UNC路径
  如果你的ClickOnce更新源用的是类似Z:\AppUpdates的映射驱动器，直接改成UNC路径（比如\\YourServerName\ShareFolder\AppUpdates）。这样系统开机时不需要等驱动器映射完成，直接通过网络路径访问更新源，能从根源上避免驱动器未就绪的问题。记得在ClickOnce的发布设置里修改更新位置为UNC路径，重新发布应用。

• 切换开机启动的注册表位置
  要是你之前把启动项加到了HKLM（系统级启动），试试移到HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run下。这样是当前用户登录后再启动应用，和手动启动的环境完全一致，网络驱动器也会在用户登录后自动映射，大概率能正常触发更新检查。

• 给应用加个启动前的网络检测（需要改代码）
  要是上面的方法都不适用，你可以在应用入口加一段逻辑：先检查更新源的网络路径是否可用，等连接就绪后再触发ClickOnce的更新检查。用C#的话大概是这样：

  using System.IO;
  using System.Threading;
  
  private bool IsUpdateSourceAvailable()
  {
      try
      {
          // 替换成你的更新源UNC路径
          return Directory.Exists(@"\\YourServerName\ShareFolder\AppUpdates");
      }
      catch
      {
          return false;
      }
  }
  
  // 在主程序启动前执行
  while (!IsUpdateSourceAvailable())
  {
      Thread.Sleep(2000); // 每2秒检查一次
  }
  
  // 触发ClickOnce更新检查
  if (ApplicationDeployment.IsNetworkDeployed)
  {
      ApplicationDeployment.CurrentDeployment.CheckForUpdate();
  }
  

  这个方法需要修改代码重新发布，适合有代码权限的场景。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者dunkleosteus