rmarkdown::render()未传递pandoc的-shell-escape选项至pdflatex

我明白你遇到的问题了——在YAML里加了pandoc_args: "--pdf-engine-opt=-shell-escape"，但rmarkdown::render()在生成.tex文件后调用pdflatex时，这个选项没被传递过去。这是因为你给pandoc的参数只在pandoc直接调用PDF引擎时生效，而当流程走到单独调用pdflatex编译.tex文件这一步时，这个参数不会自动继承。

这里有两个靠谱的解决方案，你可以根据自己的需求选择：

方案1：让Pandoc直接生成PDF（推荐） #

确保你的YAML头配置正确，把pandoc_args嵌套在pdf_document下面，这样pandoc会直接调用pdflatex并带上-shell-escape选项，跳过后续单独编译.tex的步骤：

---
title: "你的文档标题"
output:
  pdf_document:
    pandoc_args: ["--pdf-engine-opt=-shell-escape"]
    # 如果需要保留生成的.tex文件，加上下面这行
    # keep_tex: true
---

之后直接调用rmarkdown::render("你的文件.Rmd")就行，这时候你看控制台输出的pdflatex命令，应该能看到-shell-escape已经带上了。

方案2：给pdflatex单独指定-shell-escape选项 #

如果你的工作流必须先生成.tex文件再编译，那可以直接告诉rmarkdown在调用pdflatex时加上这个选项。在YAML里配置latex_options即可：

---
title: "你的文档标题"
output:
  pdf_document:
    keep_tex: true
    latex_engine: pdflatex
    latex_options: ["shell-escape"]
---

或者你也可以在调用render函数时临时传递这个参数：

rmarkdown::render("你的文件.Rmd", 
                  output_options = list(latex_options = "shell-escape"))

这样当rmarkdown调用pdflatex编译.tex文件时，命令会变成pdflatex -shell-escape mwe.tex，选项就不会丢失了。

你可以通过查看render过程中的控制台输出来验证，确认pdflatex的调用命令里确实包含了-shell-escape。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Chris