求助：rpy2可在Python Shell导入却无法在Jupyter Notebook中导入

嗨，这种情况我之前折腾过好几次，大概率是Jupyter Notebook用的Python环境和你终端Shell里的不是同一个——哪怕你明确只装了Python3.6，也可能因为一些容易忽略的配置细节搞混了环境。下面来一步步排查解决：

你碰到的问题本质是：Jupyter加载的Python内核，和你在终端里运行的Python Shell，指向的不是同一个环境。常见的诱因包括：

• Jupyter默认绑定了系统全局Python，而你把rpy2装到了用户自定义的Python路径下
• 曾用过虚拟环境，Jupyter的内核配置还残留着旧环境的关联
• 安装Jupyter和rpy2时用的pip不是同一个（比如一个是pip、一个是pip3，或者不同路径下的pip）

1. 先确认两个环境的Python路径 #

首先在Jupyter Notebook里新建一个单元格，运行这段代码：

import sys
print(sys.executable)

然后打开你的Python Shell，同样运行这两行代码，对比输出的路径是否完全一致。如果不一样，那环境不一致的问题实锤了。

2. 给Jupyter的Python环境安装rpy2 #

如果Jupyter的Python路径和Shell里的不同，就用Jupyter对应的Python来安装rpy2。比如Jupyter输出的路径是/usr/local/bin/python3.6，就在终端里运行：

/usr/local/bin/python3.6 -m pip install rpy2

这样就能确保rpy2被安装到Jupyter实际使用的环境中。

3. 重置Jupyter内核（如果上面的方法无效） #

如果是虚拟环境残留或者内核配置混乱的问题，可以重新注册一个绑定正确环境的Jupyter内核：

1. 先激活你装了rpy2的Python环境（如果用了虚拟环境的话）
2. 安装ipykernel工具：

pip install ipykernel

3. 将当前环境注册为Jupyter的可选内核：

python -m ipykernel install --user --name=python3.6-rpy2 --display-name "Python 3.6 (rpy2)"

之后打开Jupyter Notebook，新建笔记本时选择这个名为Python 3.6 (rpy2)的内核，再尝试导入rpy2。

4. 验证修复效果 #

完成上述步骤后，在Jupyter里运行这段代码确认：

import rpy2
print(rpy2.__version__)

如果能正常输出版本号，就说明问题解决啦。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ted Callow