Ubuntu 18.04本地装Perl模块后，RStudio Server调用失败求助

你遇到的问题本质是：本地终端里能正常访问的Perl模块，在RStudio Server的system()调用里找不到。这是因为RStudio Server运行时的Perl环境变量没继承你本地终端的配置，导致模块所在的用户专属目录没被加入到Perl的模块搜索路径@INC里。下面是几个实用的解决办法：

1. 先定位本地Perl模块的安装路径 #

先在你的本地终端（不是RStudio内的终端）执行这条命令，找到你本地安装的Perl模块所在的目录：

perl -e 'print join("\n", @INC)'

你会看到类似/home/your_username/perl5/lib/perl5这样的路径（这是cpanm默认的本地安装路径），把这个路径记下来。

2. 临时指定环境变量调用Perl #

在RStudio里，你可以直接在system()命令中指定PERL5LIB环境变量，让Perl能找到你的本地模块：

system("PERL5LIB=/home/your_username/perl5/lib/perl5 perl -MBio::TreeIO -e 1")

记得把/home/your_username/perl5/lib/perl5替换成你刚才找到的实际路径。

3. 永久设置环境变量 #

如果不想每次调用都手动写路径，可以把这个环境变量加到R的配置里：

• 在当前R会话中临时生效：

  Sys.setenv(PERL5LIB="/home/your_username/perl5/lib/perl5")
  

• 让每次启动RStudio都自动生效：编辑用户目录下的.Renviron文件（没有的话就新建一个），添加一行：

  PERL5LIB=/home/your_username/perl5/lib/perl5
  

  保存后重启RStudio即可。

4. 安装模块到系统级路径（需sudo权限） #

如果你的服务器有sudo权限，也可以把模块安装到系统级的Perl路径，这样所有用户（包括RStudio Server）都能直接访问：

sudo cpanm Bio::TreeIO

安装后模块会被放到@INC已包含的系统目录，就不会再出现找不到的问题了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者anajacintafernandes