R语言中Bonferroni与Holm检验对比及pairwise.t.test结果解析
2026-5-26
Bonferroni与Holm检验对比
咱们用合并标准差的t检验来做组间两两比较，用到的数据是y（响应变量）和grp（分组变量），下面分别看看Bonferroni和Holm两种P值校正方法的结果差异。
Bonferroni校正的两两t检验
对应的R代码如下：
pairwise.t.test(y,grp,p.adj = "bonferroni")
输出结果表格：
| Nitro A | Nitro B | None | Pharma A | |
|---|---|---|---|---|
| Nitro B | 1.00000 | - | - | - |
| None | 0.00062 | 0.00032 | - | - |
| Pharma A | 1.00000 | 1.00000 | 7.1e-07 | - |
| Pharma B | 0.14510 | 0.62309 | 4.4e-08 | 1.00000 |
P值校正方法：bonferroni
Holm校正的两两t检验
对应的R代码如下：
pairwise.t.test(y,grp,p.adj = "holm")
输出结果表格：
| Nitro A | Nitro B | None | Pharma A | |
|---|---|---|---|---|
| Nitro B | 0.86554 | - | - | - |
| None | 0.0004... | - | - | - |
P值校正方法：holm
内容的提问来源于stack exchange，提问作者pigzmalone
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