R新手求助：使用prop.table计算分类协变量比例时如何排除缺失值？

看起来你遇到的是table()函数默认忽略缺失值（NA），导致prop.table()的计算分母是非NA观测的总数的情况？不过从你的输出来看，当前prop.table()的结果其实是排除了NA的（分母是17+11=28，而总观测是29），可能你是希望把NA也纳入比例计算中？下面分两种情况给你解决方案：

情况1：希望将NA作为一个类别纳入比例计算 #

默认情况下，table()会自动丢弃NA值，所以如果要把NA也算作一个分类，需要在table()里添加useNA参数：

# 生成包含NA的频数表
freq_table <- table(Base_imi_rel_depurada_280418$IMPcateg >= 1, useNA = "ifany")
# 计算包含NA的比例
prop.table(freq_table)

这样输出会包含NA对应的比例，分母是全部观测数（17+11+1=29），结果大概是：

FALSE      TRUE       <NA> 
0.5862069 0.3793103 0.0344828 

useNA = "ifany"的意思是：当数据中存在NA时，就把NA作为一个类别展示；如果没有NA，就不显示。你也可以用useNA = "always"，不管有没有NA都会显示这个类别。

情况2：确认排除NA后的比例计算（当前结果的验证） #

如果你确实希望只计算非NA观测的比例，那当前的结果是正确的。table()默认会忽略NA，所以prop.table()的分母是有效观测数。你也可以手动先去除NA再计算，结果一致：

# 先移除NA值
clean_data <- na.omit(Base_imi_rel_depurada_280418$IMPcateg >= 1)
# 计算比例
prop.table(table(clean_data))

输出和你现在得到的一样：

FALSE      TRUE 
0.6071429 0.3928571 

简单总结一下：prop.table()的分母完全依赖于table()输出的频数总和，所以控制table()是否包含NA，就能决定比例计算是否纳入缺失值啦。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者edct40