老兄，我刚好踩过这个Thonny+PyInstaller的坑，给你几个实用的解决方案，亲测有效：

方案一：切换到标准Python环境打包（最稳妥） #

Thonny自带的Python是精简版，缺失了PyInstaller需要的开发文件（比如pyconfig.h），换用完整的Python环境就能彻底解决：

• 去Python官网下载对应版本的Windows安装包，安装时务必勾选Add Python to PATH选项
• 打开命令提示符，用新安装的Python安装PyInstaller：pip install pyinstaller
• 切换到你的脚本所在目录，用这个环境的PyInstaller打包：pyinstaller --onefile your_script.py

方案二：给Thonny的Python补全缺失的pyconfig.h #

如果不想换环境，可以从标准Python里复制真实的pyconfig.h文件过去，别用空文件凑数（空文件只会让打包跳过检查，但生成的exe会运行异常）：

• 找到你电脑上标准Python安装目录的Include文件夹，比如C:\Python310\Include，里面有真实的pyconfig.h
• 把这个文件复制到报错提示的路径：C:\Users\你的用户名\AppData\Local\Programs\Thonny\Include\（把“你的用户名”换成实际的）
• 重新运行PyInstaller打包，这次生成的exe应该能正常执行完整逻辑了

额外排查提示 #

• 打包前先在Thonny里确认脚本能正常运行，排除脚本本身的bug
• 如果还是有问题，试试用调试参数运行PyInstaller，查看详细报错：pyinstaller --onefile --debug all your_script.py，根据调试信息进一步定位问题

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sam S