Bash批量替换文件名中意外下划线（含awk FILENAME使用疑问）

嘿，我太懂你这种头疼了——10万多个文件名里的下划线乱跑到不该出现的位置，直接搞崩后续处理，试了awk的FILENAME却发现只能读文件名根本没法改，对吧？别慌，给你几个靠谱的批量重命名方案，都是处理这种大数量文件的实用手段：

注意不同系统的rename有两个常见版本，语法不一样，先看你用的是哪一种：

Perl版rename（大部分Linux发行版、macOS用brew安装的都是这个） #

看你的示例文件名，意外的下划线都在括号里（比如(PHA_gran_rgn)），而第一个下划线mg.reads.per.gene_是正常分隔符，那咱们可以精准替换括号内的下划线，不碰正常的那个：

rename 's/(\([^)]*)_([^)]*\))/$1-$2/g' *.tsv

简单解释下这个正则逻辑：

• (\([^)]*)：捕获左括号(到第一个下划线前的所有内容
• _：定位要替换的“意外下划线”
• ([^)]*\))：捕获下划线后到右括号)的所有内容
• $1-$2：把两部分捕获内容用连字符-拼接，替换掉原来的下划线
• g：全局替换，括号里有多个下划线的话一次性全换掉

要是你想替换除第一个下划线之外的所有下划线，可以用这个技巧：先把所有下划线换成连字符，再把第一个连字符换回下划线，完美保留初始分隔符：

rename 's/_/-/g, s/^([^-]*)-/$1_/' *.tsv

C版rename（部分Debian/Ubuntu默认是这个） #

这个版本语法更简单，但正则支持有限，适合简单替换场景。比如要把所有下划线换成连字符（如果需要保留第一个，就得结合其他命令，不如用上面的Perl版方便）：

rename '_' '-' *.tsv

要是你的系统没有Perl版rename，或者需要自定义更复杂的替换逻辑，用bash循环配合sed处理文件名，再用mv重命名就稳了：

for file in *.tsv; do
  # 生成新文件名：替换括号内的下划线为连字符
  new_file=$(echo "$file" | sed 's/\(\([^)]*\)\)_/\1-/g')
  # 只在文件名变化时执行重命名，避免无意义操作
  if [ "$file" != "$new_file" ]; then
    mv "$file" "$new_file"
  fi
done

这个循环会逐个处理所有.tsv文件，用sed替换目标下划线后再重命名。虽然处理10万文件的速度比Perl版rename慢一点，但胜在任何类Unix系统都能直接用，不用额外安装工具。

• 先测试再批量操作！找几个典型的测试文件，先小范围运行命令，确认替换结果完全符合预期，再对10万文件动手，避免误操作搞砸数据。
• 文件名里有空格、特殊字符也不用担心，上面的命令都用双引号包裹了文件名，能完美兼容。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者crazysantaclaus