我之前在Unity集成SQLite插件时也遇到过一模一样的问题，核心原因是Unity对非托管原生插件的目录结构和平台配置有严格要求，默认不会自动识别你原来的x86/x64目录结构。下面是经过验证的解决方案：

1. 调整插件目录结构 #

首先把你的文件重新组织成Unity能正确识别的结构：

Assets/Plugins/MyPlugin
├─ MyPlugin.dll
├─ System.Data.SQLite.dll
├─ (其他托管依赖文件)
└─ Windows
   ├─ x86
   │  └─ SQLite.Interop.dll
   └─ x64
      └─ SQLite.Interop.dll

把x86和x64文件夹放到Windows子目录下，让Unity明确这是Windows平台的原生插件。

2. 配置原生插件的平台属性 #

这一步是关键，必须给每个SQLite.Interop.dll指定正确的平台架构：

• 选中Windows/x86/SQLite.Interop.dll，在Inspector面板中：
  • 勾选Editor和Standalone平台选项
  • 在"Platform Settings"里选择Windows，架构设置为x86
  • 取消所有其他平台的勾选（比如Mac、Linux等）
• 同样处理Windows/x64/SQLite.Interop.dll：
  • 勾选Editor和Standalone平台选项
  • 平台选择Windows，架构设置为x86_64
  • 取消其他平台的勾选

3. 配置托管插件的属性 #

对于System.Data.SQLite.dll和你自己的MyPlugin.dll：

• 在Inspector面板中设置为Any Platform
• 确保勾选Include in Build和Allow Scripting Runtime Version Change（如果需要的话）
• 确认它们的"Scripting Backend"设置和你的项目一致（比如.NET Framework或.NET Core）

4. 额外排查要点 #

• 版本匹配：确保System.Data.SQLite.dll和SQLite.Interop.dll是同一版本的，版本不兼容也会触发找不到DLL的错误
• 编辑器架构：如果你用的是64位Unity编辑器，要确认x64版本的SQLite.Interop.dll已经正确配置；32位编辑器则对应x86版本
• 打包验证：打包Windows版本后，检查输出目录下是否有x86或x64子目录，且里面包含对应的SQLite.Interop.dll（Unity会根据目标架构自动复制）
• 避免手动加载：尽量不要在代码里手动调用DllImport指定路径，依赖Unity的插件系统自动管理加载逻辑更可靠

按照这些步骤配置后，Unity就能根据当前运行的平台架构自动加载正确的SQLite.Interop.dll，解决DllNotFoundException问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tien