在MacOS 10.13.4上配置Oracle Java 10.0.1适配R 3.4.4遇错求助

我来帮你搞定这个兼容问题——R 3.4.4发布时Java 10还属于较新的版本，加上MacOS的环境配置细节，很容易出现这类截断性的配置失败。先理清楚你的问题场景：你在MacOS 10.13.4上配置Oracle Java 10.0.1适配R 3.4.4，执行R CMD javareconf时输出到Non-system Java on macOS tryin...就中断了。

下面是经过验证的解决步骤：

1. 先把Java环境变量配置扎实 #

首先确认你的JAVA_HOME是否正确指向了Java 10的安装目录，在终端执行：

echo $JAVA_HOME

如果输出不是/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.0.1.jdk/Contents/Home，手动临时设置（要永久生效的话，把这两行加到~/.bash_profile或~/.zshrc里）：

export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.0.1.jdk/Contents/Home
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

2. 强制指定Java头文件路径，绕过R的版本检测 #

R 3.4.4对Java 10的版本检测逻辑有问题，咱们直接给javareconf指定头文件路径，强制完成配置：

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS="-I$JAVA_HOME/include -I$JAVA_HOME/include/darwin"

执行时输入管理员密码就行，这个命令会跳过R默认的版本校验，直接用我们指定的Java编译参数。

3. 确认clang编译环境没问题 #

Xcode Command Line Tools是R编译依赖的关键，先确保它安装好了：

xcode-select --install

如果已经安装会提示“已安装”。然后确认clang的位置是否在默认路径：

which clang

正常输出应该是/usr/bin/clang，如果不是，把clang所在路径加到PATH环境变量里。

4. 验证配置是否成功 #

完成上面的步骤后，打开R控制台，先初始化Java环境，再测试rJava包：

.jinit()
library(rJava)

如果没报错，说明适配成功了。要是rJava还没装，先执行install.packages("rJava")安装。

备选方案：降级到Java 8 #

如果上面的步骤还是搞不定，最稳妥的办法是把Java降级到8版本（Oracle Java 8或者OpenJDK 8都可以）——R 3.4.x对Java 8的兼容性是经过充分测试的，基本不会出问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Erich Neuwirth