看起来你已经做了不少基础排查工作了——单独播放提取的音频没问题、合并后再提取音频也正常，时长也匹配，这种情况确实有点让人困惑，我来给你梳理几个可能的排查方向和解决办法：

• 检查音频与视频的帧级同步问题
  你用atempo调整了音频时长，虽然整体长度对上了，但可能帧级别的时间戳还是没对齐。试试在合并命令里加上音频同步参数，强制ffmpeg对齐时间戳：

  ffmpeg -i "blu ray source" -i "audio track" -map 0 -map 1 -c:v copy -c:s copy -c:a copy -async 1 "merged mkv"
  

  如果还是不行，可以尝试用aresample滤镜做更精准的同步：

  ffmpeg -i "blu ray source" -i "audio track" -map 0 -map 1 -c:v copy -c:s copy -c:a copy -af "aresample=async=1:first_pts=0" "merged mkv"
  

• 排查容器与编码的兼容性问题
  蓝光视频的编码和DVD音频的编码可能存在隐性的参数不兼容（比如采样率、声道模式的细微差异），虽然MKV容器支持，但播放器中途解码时可能出错。先查看两个源的媒体信息：

  ffmpeg -i "blu ray source"
  ffmpeg -i "audio track"
  

  对比音频的采样率、声道数、编码格式，如果差异明显，建议不要直接复制音频轨，而是重新编码到和蓝光兼容的格式，比如：

  ffmpeg -i "blu ray source" -i "audio track" -map 0 -map 1 -c:v copy -c:s copy -c:a ac3 -b:a 384k "merged mkv"
  

• 排除播放器本身的问题
  有时候不是文件的问题，而是播放器的缓存机制或解码器bug。可以换几个不同的播放器测试，比如VLC、MPC-HC、PotPlayer，如果只有某一个播放器出现无声问题，那大概率是播放器的设置问题，比如调整音频缓存大小或者更换解码器。

• 尝试用专业MKV工具合并
  ffmpeg虽然强大，但对MKV容器的细节处理可能不如专门的工具。试试用MKVToolNix里的mkvmerge来合并，它对MKV轨道的管理更直观，还能设置轨道标签：

  mkvmerge -o "merged mkv" "blu ray source" --audio-tracks 0 "audio track"
  

  （这里--audio-tracks 0是指取音频文件的第一条音轨，你可以根据实际情况调整）

你可以先从同步参数和换播放器这两个方向入手排查，应该能快速定位问题~

备注：内容来源于stack exchange，提问作者Meslam