看起来你已经走完了Quantum Espresso安装的前期步骤：依赖包安装、源码克隆，甚至configure也检测到了基础的BLAS、LAPACK和FFTW库。不过你提到后续make时遇到了文件缺失的错误，我给你几个实用的排查和解决方向：

• 先确认configure是否真正完成：你贴的configure输出没有显示最终结果，一定要确保最后出现类似Configuration completed successfully的提示。如果configure中途中断，可能是MPI依赖没被正确识别，试试加上并行支持参数重新配置：

  ./configure --enable-parallel
  

• 检查源码是否拉取完整：Quantum Espresso的源码可能包含子模块，有时候克隆时会遗漏。可以进入q-e目录执行以下命令补全子模块：

  git submodule update --init --recursive
  

• 排查依赖库的兼容性：系统默认的BLAS/LAPACK有时候会存在版本兼容问题，你可以尝试替换为OpenBLAS套件，它的兼容性和性能表现更稳定：

  sudo apt remove libblas-dev liblapack-dev
  sudo apt install libopenblas-dev liblapacke-dev
  

  安装完成后重新运行./configure。

• 手动指定库路径（如果需要）：如果某些库安装在非标准路径，configure可能无法自动检测到，这时候可以手动指定库文件和头文件的路径，比如：

  ./configure LIBDIRS="/path/to/your/lib" INCDIRS="/path/to/your/include"
  

  把路径替换成你实际的库安装目录，确保configure能找到所有需要的文件。

• 修复目录权限问题：如果之前用sudo拉取的源码，当前用户可能没有读写权限，导致make时无法生成中间文件。可以修改q-e目录的权限：

  chown -R $USER:$USER q-e
  

附上你提供的configure检测结果供参考：

ESPRESSO can take advantage of several optimized numerical libraries
(essl, fftw, mkl...). This configure script attempts to find them,
but may fail if they have been installed in non-standard locations.
If a required library is not found, the local copy will be compiled.

The following libraries have been found:

BLAS_LIBS= -lblas

LAPACK_LIBS=-L/usr/local/lib -llapack -lblas

FFT_LIBS= -lfftw3

Please check if this is what you expect.

If any libraries are missing, you may specify a list of directories
to search and retry, as follows:

./configure LIBDIRS="list of directories" INCDIRS="list of directories"

备注：内容来源于stack exchange，提问作者jesusabf