如何在Bash脚本中调用其他文件中的变量？技术求助

我已查阅大量同类问题，但未找到可行解决方案，恳请协助。我需在以下Bash脚本中调用其他文件的变量，目前正尝试执行该脚本：

#!/bin/bash
for i in {0..10000}
do
mysql --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -D hg19 -e '
Select S.name as rsID, S.chrom, S.chromEnd, S.chromStart, K.txStart, K.txEnd, G.geneSymbol, G.kgID
from snp138 as S
left join knownGene as K on (S.chrom=K.chrom and not(K.txEnd+1000000<S.chromStart or S.chromEnd+1...
'
done

针对你的需求，我整理了两种在Bash脚本中调用外部文件变量的实用方法，顺便给你提些SQL执行的优化建议：

一、加载外部文件变量的两种方式 #

假设你有个存放变量的配置文件（比如命名为db_config.sh），内容像这样：

# db_config.sh
DB_USER="genome"
DB_HOST="genome-mysql.cse.ucsc.edu"
DB_DB="hg19"

1. 用source命令直接加载 #

这是最常用的方式，在你的脚本开头加上一行，就能直接使用配置文件里的变量：

#!/bin/bash
# 加载外部配置文件，替换成你的实际路径
source ./db_config.sh

for i in {0..10000}
do
mysql --user="$DB_USER" --host="$DB_HOST" -A -D "$DB_DB" -e '
Select S.name as rsID, S.chrom, S.chromEnd, S.chromStart, K.txStart, K.txEnd, G.geneSymbol, G.kgID
from snp138 as S
left join knownGene as K on (S.chrom=K.chrom and not(K.txEnd+1000000<S.chromStart or S.chromEnd+1...
'
done

source也可以用简写.，比如./db_config.sh，效果完全一样。

2. 命令行参数传递变量 #

如果你的变量不需要存在配置文件里，想每次执行脚本时临时传入，就可以用命令行参数：
执行脚本的时候这样传参：

./your_script.sh genome genome-mysql.cse.ucsc.edu hg19

然后脚本里用$1、$2、$3获取对应的变量：

#!/bin/bash
# 从命令行参数获取变量
DB_USER="$1"
DB_HOST="$2"
DB_DB="$3"

for i in {0..10000}
do
mysql --user="$DB_USER" --host="$DB_HOST" -A -D "$DB_DB" -e '
Select S.name as rsID, S.chrom, S.chromEnd, S.chromStart, K.txStart, K.txEnd, G.geneSymbol, G.kgID
from snp138 as S
left join knownGene as K on (S.chrom=K.chrom and not(K.txEnd+1000000<S.chromStart or S.chromEnd+1...
'
done

二、额外的优化建议 #

1. 补全SQL语句：你提供的SQL语句末尾是S.chromEnd+1...，明显被截断了，一定要补全完整的条件和语句，否则mysql会报错无法执行。
2. 优化循环查询：循环10001次去连接数据库，效率非常低，而且可能会被UCSC的数据库限制请求频率。建议尽量把循环的逻辑整合到SQL语句里，一次查询完成任务；如果必须循环，记得在每次循环后加个sleep 1之类的延迟，避免给数据库造成过大压力。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者GB44444