如何在命令行带参数运行RMarkdown文件？

我尝试在命令行终端运行名为myfile.Rmd的RMarkdown文件，该文件需要接收参数才能正常运行。以下为示例文件：

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title: "Simple example"
output:
  pdf_document: default
---

args = commandArgs(TRUE)
VAR = args[1]

VAR

请问是否可以像运行R脚本那样，通过读取参数的方式运行该RMarkdown文件？注：并非采用读取输入文件的方式。

当然可以！不过和直接运行普通R脚本的方式略有不同——RMarkdown文件本质是带代码块的标记文档，需要经过渲染步骤才能生成最终的PDF/HTML等输出，不能直接用Rscript myfile.Rmd执行。下面给你两种实用的实现方法：

方法1：直接通过rmarkdown::render传递参数 #

你可以在命令行中用Rscript调用rmarkdown::render函数，直接指定参数值：

Rscript -e "rmarkdown::render('myfile.Rmd', params = list(VAR = 'hello_world'))"

这种方式不需要修改你现有的Rmd文件代码，运行后会生成渲染好的PDF文档，其中VAR的值就是你传入的hello_world。

方法2：从命令行接收参数再传递给渲染函数 #

如果你希望像运行R脚本那样，把参数放在命令行末尾传递，可以用这个方式：

Rscript -e "args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE); rmarkdown::render('myfile.Rmd', params = list(VAR = args[1]))" "你的参数值"

这里commandArgs(trailingOnly = TRUE)会读取命令行末尾的参数，再传递给render函数的params参数。

进阶优化：在YAML中定义参数（更规范的做法） #

如果想让参数管理更清晰，推荐在Rmd的YAML头部定义params字段，这样可以设置默认值，也让代码更易读：

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title: "Simple example"
output:
  pdf_document: default
params:
  VAR: "默认值"  # 这里可以设置参数的默认值
---

然后在代码块中直接调用params$VAR即可，不需要再用commandArgs：

params$VAR

对应的命令行运行方式和方法1一致：

Rscript -e "rmarkdown::render('myfile.Rmd', params = list(VAR = '自定义参数'))"

这样做的好处是，别人看你的Rmd文件时能一眼知道需要哪些参数，也支持在RStudio中手动指定参数预览，非常方便。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者elcortegano