在ggplot双因素箱线图中为6个分组添加均值线的问题

嘿，我懂你的困扰——你想给Factor1和Factor2每个组合的箱线图都加上单独的均值线，但现在的stat_summary只画出了Factor1每个水平的整体均值，完全没区分Factor2的不同分组，对吧？

问题根源 #

默认情况下，stat_summary会跟着你aes里的x轴变量（也就是Factor1）来分组计算统计量，所以它只会算出每个Factor1水平下所有数据的均值，而不会拆分Factor2的不同类别。

解决方案 #

你只需要在stat_summary的aes里加上group = interaction(Factor1, Factor2)，明确告诉ggplot要按两个因子的组合来分组计算均值。这样每个箱线图（也就是每个Factor1+Factor2的组合）都会有自己的均值线了。

修改后的完整代码 #

ggplot(test, aes(Factor1, YVar)) + 
  geom_boxplot(aes(colour=Factor2)) + 
  labs(x="Factor 1", y="Y Var") + 
  guides(color=guide_legend("Factor 2")) +
  stat_summary(
    fun=mean,  # 新版本ggplot2用fun替代了旧版的fun.y
    geom="errorbar", 
    aes(ymax=..y.., ymin=..y.., group = interaction(Factor1, Factor2)),
    width=0.75, 
    linetype="dashed", 
    size=1, 
    color="black"
  )

小提示 #

如果你的ggplot2版本比较新，记得把fun.y换成fun——旧的fun.y参数已经被弃用啦。用mtcars数据集模拟你的场景跑一遍代码，就能看到每个气缸数+变速箱类型的箱线图上都有对应的均值虚线了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mircea_cel_Batran