一、修复"error setting certificate verify locations"错误 #

你遇到的这个证书路径错误，是因为Microsoft R自带的CA证书配置在Ubuntu系统下不兼容导致的，试试下面几个方法：

方法1：临时指定系统CA证书路径 #

Ubuntu系统的默认CA证书文件在/etc/ssl/certs/ca-certificates.crt，安装前先设置环境变量指向这个路径：

# 设置环境变量指定系统CA证书
Sys.setenv(CURL_CA_BUNDLE = "/etc/ssl/certs/ca-certificates.crt")
# 再执行安装命令
devtools::install_github("muschellij2/ms.lesion")

方法2：重新安装RCurl适配系统配置 #

你已经装了libcurl4-openssl-dev，可以卸载现有RCurl后重新从源码安装，让它自动适配Ubuntu的OpenSSL证书设置：

# 卸载旧的RCurl
remove.packages("RCurl")
# 从源码重新安装
install.packages("RCurl", type = "source")

重装完成后再尝试安装目标包，应该能解决证书问题。

方法3：临时跳过证书验证（仅测试用，不推荐） #

如果上面的方法都没效果，作为临时测试方案可以关闭证书验证，但这会降低安全性，用完记得恢复设置：

# 设置忽略证书验证
options(download.file.method = "wget", download.file.extra = "--no-check-certificate")
# 执行安装
devtools::install_github("muschellij2/ms.lesion")
# 恢复默认设置
options(download.file.method = NULL)

二、使用devtools从GitHub安装R包的完整步骤 #

1. 先安装devtools（未安装的话） #

如果你的环境还没有devtools，先从CRAN安装，Ubuntu系统需要先安装系统依赖库：

# 安装系统依赖（确保curl、ssl、xml的开发库都装了）
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev

然后在R里安装devtools：

install.packages("devtools")
library(devtools)

2. 基础安装方法 #

直接指定GitHub仓库的「用户名/包名」即可安装最新版本：

devtools::install_github("muschellij2/ms.lesion")

3. 安装特定版本/分支 #

如果需要安装某个分支、标签版本或者特定commit，用ref参数指定：

• 安装指定分支：

devtools::install_github("muschellij2/ms.lesion", ref = "dev")

• 安装指定标签版本（比如v1.0.0）：

devtools::install_github("muschellij2/ms.lesion", ref = "v1.0.0")

• 安装指定commit哈希：

devtools::install_github("muschellij2/ms.lesion", ref = "a1b2c3d")

4. 控制依赖安装 #

默认情况下devtools会自动安装包的所有依赖，如果要跳过依赖（不推荐，可能导致包无法正常使用），可以加dependencies = FALSE：

devtools::install_github("muschellij2/ms.lesion", dependencies = FALSE)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Kang Dong Ju