如何打开通过arangoexport从ArangoDB导出的.xgmml文件？

我之前也碰到过一模一样的问题——用arangoexport导出的XGMML格式图数据，拖进Cytoscape直接提示无法识别。后来折腾了一阵，总结出几个可行的解决办法，分享给你：

先排查Cytoscape本身的问题 #

• 升级到最新版本：旧版Cytoscape对XGMML的兼容性确实拉胯，我之前用3.8版本死活打不开，升级到3.12稳定版后直接就识别了。建议你更到最新版试试，这是最省心的办法。
• 验证文件完整性：XGMML本质是XML格式，你可以用VS Code、Notepad++这类文本编辑器打开文件，看看开头是不是有标准的XML声明<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>，再检查一下标签有没有闭合。如果导出过程中中断过，文件可能损坏，那就得重新用arangoexport导出一次。

换用其他支持XGMML的工具 #

如果Cytoscape还是不行，试试这些工具：

• Gephi：这款开源图可视化工具对XGMML的支持非常友好，直接把文件拖进窗口就能加载，节点、边的属性都能完整读取，还能一键切换各种布局，我亲测过ArangoDB导出的文件完全没问题。
• Python脚本转换格式：要是你熟悉Python，可以用xml.etree.ElementTree模块解析XGMML，把节点和边转换成CSV格式，再导入到你常用的图工具里（比如Tableau、甚至Excel做简单可视化）。
• 本地XML阅读器：如果只是想查看数据结构，不用可视化的话，直接用浏览器打开.xgmml文件就行，大部分现代浏览器都能格式化显示XML内容。

手动修复ArangoDB导出的XGMML文件 #

有时候arangoexport会给XGMML加一些自定义的命名空间或属性，导致Cytoscape识别失败，这时候可以手动修改：

1. 用文本编辑器打开文件，找到根节点的graph标签，确认它的命名空间是标准的：<graph xmlns="http://www.cs.rpi.edu/XGMML">，如果有ArangoDB的自定义前缀，删掉换成这个标准命名空间。
2. 检查文件里有没有Cytoscape不支持的特殊属性（比如一些ArangoDB的内部元数据），可以暂时用<!-- -->把这些属性注释掉，再尝试导入Cytoscape。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者MHH