我完全懂你现在的焦虑——MySQL明明运行正常，但APT/DPKG却因为升级时的权限问题卡住了，还不敢轻易碰卸载操作，生怕弄丢重要数据。咱们先把问题理清楚，再一步步安全修复：

先还原你的问题场景 #

During monthly patching [security updates only], it updated mysql-server-8.0 from [0/8.0.36/0ubuntu0.20.04.1/X86_64] to mysql-server-8.0[0:8.0.37-0ubuntu0.20.04.3] however as it tries to continue patching I get the following error:
Setting up mysql-server-8.0 (8.0.37-0ubuntu0.20.04.3) ...
/var/lib/dpkg/info/mysql-server-8.0.postinst: line 56: kill: (2401867) - Permission denied

However, even though mysql seems to be updated & running okay, this update broke dpkg...
E: dpkg was interrupted, you must manually run 'dpkg --configure -a' to correct the problem.
WARNING: Could not install the python3-apt, this may cause the patching operation to fail.
failed to run commands: exit status 1

When I trying to run dpkg --configure -a [after sudo su root], I hit the same permission denied issue...

可能的原因 #

root用户执行kill命令还被拒，大概率是安全模块限制（比如AppArmor）或者进程的特殊系统保护机制：

• AppArmor可能阻止了dpkg的postinst脚本直接杀死MySQL进程
• 或者MySQL进程处于不可中断状态（这种情况比较少见）
• 也有可能是postinst脚本用了非root身份执行kill（但你已经切到root了，这个可能性很低）

安全修复步骤（优先保证数据安全） #

1. 先做个紧急数据备份（保险起见）

虽然MySQL现在正常运行，备份一下心里更踏实：

# 导出所有数据库到sql文件，输入root密码即可
mysqldump -u root -p --all-databases > mysql_full_backup_$(date +%Y%m%d).sql

2. 先确认MySQL进程的状态

先找到当前MySQL的PID（之前的2401867可能已经失效）：

ps aux | grep mysqld

然后检查进程的安全上下文（看是否受AppArmor限制）：

# 替换成你查到的PID
ps -Z <mysql_pid>

3. 尝试通过systemd管理进程，绕开直接kill的权限问题

dpkg的postinst脚本可能是直接kill进程，而不是通过systemd停止服务，导致权限被拒。咱们换个方式：

# 先正常停止MySQL服务
systemctl stop mysql

# 再执行dpkg配置命令
dpkg --configure -a

# 配置完成后启动MySQL
systemctl start mysql

4. 如果还是不行，临时调整AppArmor规则

如果检查到AppArmor处于enforced状态，临时切换到complain模式（只告警不阻止）：

# 查看mysql的AppArmor状态
aa-status | grep mysql

# 临时设置为complain模式
aa-complain /usr/sbin/mysqld

# 再次执行dpkg配置
dpkg --configure -a

# 配置完成后恢复enforced模式（安全起见）
aa-enforce /usr/sbin/mysqld

5. 修复后验证APT状态

确保后续升级正常：

apt update && apt upgrade --dry-run

注意事项 #

• 绝对不要轻易执行apt purge mysql-server-8.0，除非万不得已——purge会删除配置文件，虽然数据在/var/lib/mysql不会丢，但后续恢复更麻烦
• 如果以上步骤都不行，可以查看postinst脚本的第56行具体做了什么：cat /var/lib/dpkg/info/mysql-server-8.0.postinst | sed -n '56p'，看看它是怎么kill进程的，再针对性解决

备注：内容来源于stack exchange，提问作者Alice