看起来你遇到的是OWL API操作本体时常见的序列化/读取逻辑问题——毕竟Protégé对本体格式的兼容性比自定义代码强得多，咱们一步步来排查：

1. 先盯紧本体保存的逻辑 #

大概率是你添加实例和属性后，保存本体的过程中出现了隐性问题，导致本体文件看似正常但实际缺少关键断言，或者序列化格式不符合你的读取代码预期：

• 确保保存时显式指定格式，避免默认序列化器的奇怪行为。比如用RDF/XML格式保存的代码应该是这样：

  OWLOntologyManager manager = ...; // 你的本体管理器
  OWLOntology ontology = ...; // 已添加实例的本体
  // 显式指定RDFXML格式保存
  manager.saveOntology(ontology, new RDFXMLDocumentFormat(), 
                       IRI.create(new File("updated-ontology.owl").toURI()));
  

• 保存前先验证断言是否真的被添加了：比如用ontology.getIndividualsInSignature()查看实例，用ontology.getDataPropertyAssertionAxioms(yourIndividual)检查数据属性断言，确保这些集合不为空。

2. 排查读取代码里的“想当然”逻辑 #

NoSuchElementException几乎都是因为你假设某个元素存在，但实际它并没有（或者保存时没写进去）：

• 检查代码里有没有直接调用iterator.next()、Optional.get()这类方法却没做前置判断的地方？比如：

  // 危险！如果本体里没有个体，直接next()就会抛异常
  OWLIndividual firstPatient = ontology.getIndividualsInSignature().iterator().next();
  

  改成安全的写法：

  Optional<OWLIndividual> firstPatientOpt = ontology.getIndividualsInSignature().stream().findFirst();
  if (firstPatientOpt.isPresent()) {
      OWLIndividual firstPatient = firstPatientOpt.get();
      // 后续操作
  } else {
      // 处理没有个体的情况
  }
  

• 如果能拿到完整的报错堆栈，一定要看异常发生的具体行，这能直接定位到哪段读取代码出了问题。

3. 手动验证本体文件 #

既然Protégé能打开，就用它确认你添加的内容：

• 在Protégé的“Individuals”标签下找到你新增的实例，检查数据属性是否正确关联；
• 用文本编辑器打开本体文件，搜索你添加的实例IRI（比如#Patient_001），看看对应的类断言、数据属性断言是否真的存在。有时候OWL API保存的格式有细微冗余，但Protégé能兼容，你的代码却没处理。

4. 检查OWL API版本兼容性 #

如果你的项目用的OWL API版本和Protégé的版本差距较大（比如Protégé 5.x用OWL API 4.x，你却用OWL API 5.x），可能会出现序列化/反序列化的兼容性问题。尝试对齐两者的OWL API版本，大概率能解决一些隐性问题。

给你贴一段标准的添加实例并保存的示例代码，你可以对比自己的代码看看哪里不一样：

// 初始化管理器和本体
OWLOntologyManager manager = OWLManager.createOWLOntologyManager();
OWLOntology ontology = manager.loadOntologyFromOntologyDocument(new File("original.owl"));
OWLDataFactory factory = manager.getOWLDataFactory();

// 定义本体中的类和属性
OWLClass patientClass = factory.getOWLClass(IRI.create("http://your-ns.com#Patient"));
OWLDataProperty hasName = factory.getOWLDataProperty(IRI.create("http://your-ns.com#hasName"));

// 创建实例并添加断言
OWLIndividual newPatient = factory.getOWLNamedIndividual(IRI.create("http://your-ns.com#Patient_001"));
ontology.addAxiom(factory.getOWLClassAssertionAxiom(patientClass, newPatient));
ontology.addAxiom(factory.getOWLDataPropertyAssertionAxiom(hasName, newPatient, factory.getOWLLiteral("John Doe")));

// 保存本体
manager.saveOntology(ontology, new RDFXMLDocumentFormat(), IRI.create(new File("updated.owl").toURI()));

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LexR