在Makefile中创建变量实现渲染并将输出移至新子目录

你可以通过两种方式实现把「渲染Rmd到HTML并移动到指定目录」的逻辑封装成变量，下面分别说明：

思路1：直接让rmarkdown渲染到目标目录（推荐） #

最省事的方式是利用rmarkdown::render()的output_dir参数，直接把输出文件生成在reports/目录里，这样就不需要额外的mv命令了。修改你的变量和规则如下：

# define VARIABLES for Makefile
RENDER = Rscript -e "require(rmarkdown); render('$<', output_dir='$(REP)')"
DAT = ./data
ANL = ./analysis
REP = ./reports
VPATH = $(DAT) $(ANL) $(REP)

# generate a report in html
$(REP)/foo.html: foo.Rmd bar.rds
	$(RENDER)

关键改动说明： #

• 把RENDER变量里的render('$<')改成render('$<', output_dir='$(REP)')，这样渲染出来的HTML会直接放到$(REP)（也就是./reports）目录下
• 规则的目标也改成$(REP)/foo.html，让Make明确知道输出文件的位置，避免后续依赖检查出问题

思路2：封装「渲染+移动」为组合命令变量 #

如果你更习惯保留先在当前目录渲染、再移动的流程，可以创建一个整合了两步的变量，比如RENDER_AND_MOVE：

# define VARIABLES for Makefile
RENDER = Rscript -e "require(rmarkdown); render('$<')"
RENDER_AND_MOVE = $(RENDER) && mv $(notdir $@) $(REP)
DAT = ./data
ANL = ./analysis
REP = ./reports
VPATH = $(DAT) $(ANL) $(REP)

# generate a report in html
foo.html: foo.Rmd bar.rds
	$(RENDER_AND_MOVE)

关键改动说明： #

• RENDER_AND_MOVE变量把原来的两行命令用&&连接起来，确保渲染成功后才执行移动
• $(notdir $@)是Make的自动变量，用来获取目标文件的文件名（这里就是foo.html），避免硬编码文件名，让规则更通用

如果以后要生成多个报告，思路1的写法扩展性更好——比如你可以写通用规则：

$(REP)/%.html: $(ANL)/%.Rmd bar.rds
	$(RENDER)

这样所有analysis/下的Rmd文件都能自动生成对应的HTML到reports/目录里，不需要逐个写规则。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Joe