我之前也踩过这个坑，Windows 11默认确实会无视批处理快捷方式里的“最小化”运行设置，折腾了好一会儿才找到几个实用的解决办法，分享给你：

• 修改快捷方式的目标路径：
  不用直接把快捷方式指向你的批处理文件，而是通过cmd.exe来间接启动。比如原来的快捷方式目标是C:\我的脚本\run.bat，把它改成：
  cmd.exe /c start /min "" "C:\我的脚本\run.bat"
  这里给你拆解一下：/c是让cmd执行完批处理后自动关闭；start /min是强制以最小化窗口启动后续的批处理；中间的""是必填的，因为start命令会把第一个带引号的字符串当成窗口标题，不加的话如果批处理路径带空格就会出错。

• 在批处理文件内添加自启动逻辑：
  如果不想每次改快捷方式，直接在批处理的最开头加一段代码就行。在@echo off之后插入：
  if not "%1"=="min" start /min "" "%~dpnx0" min & exit
  这段代码的作用是：如果启动批处理时没有带min这个参数，就自动用最小化模式重新启动自己，然后退出当前的原始窗口。这样不管你从哪里打开这个批处理，都会自动变成最小化窗口，一劳永逸。

• 调整Windows Terminal的全局设置（针对默认用Terminal打开cmd的情况）：
  如果你系统里默认是用Windows Terminal来打开命令提示符窗口的，那可以直接改Terminal的设置：打开Windows Terminal后，点击左上角的下拉箭头，选择“设置”；找到“命令提示符”的配置项，把“启动时的窗口状态”改成“最小化”。不过要注意，这个是全局设置，之后所有打开的cmd窗口都会默认最小化，适合经常需要后台跑批处理的用户。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者Amazon Dies In Darkness