在ggplot2中实现趋势线高饱和配色、散点同色系非透明低饱和配色的方法问询

嘿，太懂你这种纠结了！用alpha确实会遇到重叠点发灰发虚的问题，而且线条和点的透明度表现还不一致，确实闹心。咱们直接从颜色本身的饱和度入手调整就行，完全不用碰透明度，完美解决你的需求～

最省心的方法：用after_scale()直接调整颜色饱和度（推荐） #

如果你用的是ggplot2 3.4.0及以上的版本，直接用after_scale()函数在图层里调整颜色饱和度就行，不用手动提取调色板，自动对应每个分组的颜色：

library(tidyverse)
library(colorspace)

diamonds %>%
  filter(color %in% LETTERS[4:6]) %>%
  ggplot(aes(x = as.numeric(cut), y = price, colour = color)) +
  # 趋势线用原始高饱和配色
  geom_smooth(method = "lm", se = FALSE, linewidth = 1.2) +
  # 散点用同色系低饱和配色，用after_scale直接降饱和度，完全不用alpha
  geom_point(aes(colour = after_scale(desaturate(colour, amount = 0.5))), size = 2) +
  scale_colour_brewer(palette = "Set2") +
  theme_classic()

关键细节说明：

• after_scale()是ggplot2的新特性，能在颜色完成映射后，对每个分组的颜色做批量调整，这里用colorspace::desaturate()来降低饱和度
• amount参数可以自己调：0是完全饱和（和原始色一样），1是完全去饱和成灰色，我这里用了0.5，你可以改成0.3或者0.6，直到调出你想要的浅淡程度
• 这样出来的散点是实色低饱和，完全没有透明度，重叠点只会是同色叠加，不会出现发灰发虚的问题，趋势线还是鲜艳的高饱和色，完美对应你想要的效果

如果你还是想用你原来代码里的stat_summary（比如画均值点），只需要把geom_point换成对应的stat_summary就行：

stat_summary(fun = mean, geom = "point", 
             aes(colour = after_scale(desaturate(colour, amount = 0.5))), 
             size = 3, shape = 16)

兼容旧版ggplot2的方法：手动提取调色板调整 #

如果你用的ggplot2版本比较旧，没有after_scale()，那咱们手动提取调色板颜色，分别给线条和点指定：

library(tidyverse)
library(RColorBrewer)
library(colorspace)

# 先提取Set2调色板的3个高饱和颜色（对应你的3个color类别）
saturated_cols <- brewer.pal(3, "Set2")
# 生成对应的低饱和颜色
desaturated_cols <- desaturate(saturated_cols, amount = 0.5)

diamonds %>%
  filter(color %in% LETTERS[4:6]) %>%
  mutate(color = factor(color, levels = LETTERS[4:6])) %>%
  ggplot() +
  # 趋势线用高饱和色
  geom_smooth(aes(x = as.numeric(cut), y = price, colour = color), 
              method = "lm", se = FALSE, linewidth = 1.2) +
  # 散点用低饱和色，手动对应每个分组
  geom_point(aes(x = as.numeric(cut), y = price, colour = color), 
             size = 2) +
  # 手动指定配色：图例显示高饱和色（和趋势线一致），散点用低饱和色
  scale_colour_manual(
    values = setNames(desaturated_cols, LETTERS[4:6]),
    guide = guide_legend(override.aes = list(colour = saturated_cols))
  ) +
  theme_classic()

效果说明 #

不管用哪种方法，最终出来的图都是：

• 趋势线是你选的Set2高饱和鲜艳配色
• 散点是同色系的低饱和实色，完全没有透明度，重叠点只会是同色叠加，不会出现alpha导致的发灰问题
• 线条和点的颜色属于同一色系，视觉上统一协调，又能突出趋势线的重点

备注：内容来源于stack exchange，提问作者user2390246