我之前也碰到过一模一样的问题，GNOME Dock的固定图标总揪着旧版本不放，折腾了好一会儿才搞定，给你几个靠谱的解决方法：

方法一：更新PyCharm的桌面快捷方式文件（最直接） #

GNOME Dock的固定图标其实是关联了系统里的.desktop快捷方式文件，更新后这个文件可能还指向旧版本，咱们手动改它：

1. 先找到新PyCharm的安装路径：
   如果你是用JetBrains Toolbox安装的，路径一般是~/.local/share/JetBrains/Toolbox/apps/PyCharm-P/ch-0/[新版本号]/bin/pycharm.sh，比如2024.2.3对应的版本号看起来像242.20224.148，你可以进这个目录确认下pycharm.sh是否存在。
   要是你是手动下载安装的，那路径就是你解压后放的位置，比如~/pycharm-2024.2.3/bin/pycharm.sh。
2. 找到对应的.desktop文件：
   打开终端，输入ls ~/.local/share/applications | grep pycharm，会看到类似jetbrains-pycharm-ce.desktop的文件。
3. 编辑这个文件：
   用文本编辑器打开它，比如nano ~/.local/share/applications/jetbrains-pycharm-ce.desktop，找到Exec=开头的那一行，把后面的路径改成你刚才找到的新pycharm.sh的完整路径，比如：

   Exec=/home/你的用户名/.local/share/JetBrains/Toolbox/apps/PyCharm-P/ch-0/242.20224.148/bin/pycharm.sh %f
   

4. 刷新桌面数据库：
   在终端输入update-desktop-database ~/.local/share/applications/，让系统识别到更新后的快捷方式。
5. 重新固定图标：
   先把Dock上旧的PyCharm图标取消固定，然后从应用菜单找到PyCharm（此时应该是新版本了），打开后再固定到Dock，或者直接在应用菜单右键选择“添加到收藏”。

方法二：用dconf Editor直接修改收藏列表 #

你已经装了dconf Editor，那可以直接修改GNOME Dock的收藏应用列表：

1. 打开dconf Editor，导航到org/gnome/shell/favorite-apps。
2. 先看列表里的PyCharm条目，比如'jetbrains-pycharm-ce.desktop'，先把它从列表里删掉。
3. 确保你已经更新了.desktop文件（参考方法一的步骤1-4），然后把'jetbrains-pycharm-ce.desktop'重新添加到收藏列表里。
4. 关闭dconf Editor，Dock上的图标就会自动更新了。

方法三：彻底清理旧版本再重新固定 #

如果上面两种方法都没效果，可能是旧版本的文件残留导致的：

1. 卸载旧版本的PyCharm：
   要是用Toolbox安装的，直接在Toolbox里删除旧版本；手动安装的话，直接删掉旧版本的安装目录，同时删掉旧的.desktop文件（rm ~/.local/share/applications/jetbrains-pycharm-ce.desktop）。
2. 重新生成新的快捷方式：
   打开新的PyCharm，在顶部菜单栏里找到Tools > Create Desktop Entry，生成新的.desktop文件。
3. 把新的PyCharm图标固定到Dock，这次就不会再指向旧版本了。

另外提醒下，如果你用JetBrains Toolbox，记得去Toolbox的设置里看看“创建桌面快捷方式”的选项有没有开启，这样后续更新PyCharm时，Toolbox会自动帮你更新快捷方式，就不用手动折腾了。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者Paul Tanenbaum