R Markdown knit后HTML中图表不可见问题求助

我帮你梳理几个最可能导致这个问题的原因，以及对应的解决办法，你可以逐一排查：

• 检查绘图代码块的Chunk选项
  有时候你可能无意中给代码块加了fig.show='hide'或者eval=FALSE这类参数，手动运行代码块的时候这些参数不会生效，但knit的时候会严格遵循设置。打开你的Rmd文件，找到所有绘图的代码块，确认开头的{r ...}里没有这类禁用输出的参数。比如正确的代码块开头应该是类似{r, fig.width=6, fig.height=4}，确保eval=TRUE（默认就是TRUE，除非你手动改了），fig.show没有设为hide。

• 确保ggplot等绘图对象被明确打印
  这是个非常常见的坑！如果你用ggplot2绘图，只是赋值给变量但没有打印，比如：

  p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point()
  

  手动运行时R控制台会自动打印这个对象，但knit的时候不会。你需要在代码块里加上print(p)，或者直接不赋值，把绘图代码写在一行：

  ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point()
  

• 避免手动调用绘图设备（如png()）后未关闭
  如果你的代码里手动打开了绘图设备，比如：

  png("my_plot.png")
  plot(mtcars$wt, mtcars$mpg)
  

  但没有加上dev.off()来关闭设备，knit的时候这个设备会一直占用，导致图表无法嵌入到HTML里。解决办法是要么加上dev.off()，要么直接让R Markdown自动处理绘图设备，不要手动调用png/jpeg等函数。

• 检查工作目录一致性
  手动运行代码时的工作目录可能和knit时的不一样，导致绘图依赖的数据文件找不到（虽然你说没有报错，但还是可以排查）。你可以在代码开头加上这行来强制设置工作目录为当前Rmd文件所在的目录：

  setwd(dirname(rstudioapi::getSourceEditorContext()$path))
  

• 清除缓存后重新Knit
  如果你的代码块设置了cache=TRUE，旧的缓存可能损坏或者没有包含图表数据。你可以在RStudio里点击Knit按钮旁边的下拉箭头，选择"Clear Knit Cache"，然后重新运行Knit操作。

你可以先从最常见的「打印ggplot对象」和「检查Chunk选项」开始排查，应该能解决大部分问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Raj