在R中创建SpatialPointsDataFrame时保留缺失坐标的方法

这个问题我之前也碰到过，sp包的SpatialPointsDataFrame确实不允许坐标里有NA值——它要求所有空间点都必须是有效的地理坐标，所以直接创建会触发NA values in coordinates的错误。不过有两种可行的解决思路，看你更倾向用哪种工具：

方法一：使用sf包（推荐） #

sf是现在R生态里更现代、更灵活的空间数据处理包，它原生支持空几何（NA），可以完整保留所有行的数据，包括坐标缺失的记录，后续重投影、插值等操作也能无缝进行。

具体代码示例 #

# 先安装sf包（如果还没装的话）
install.packages("sf")
library(sf)

# 你的原始数据
mov.data <- data.frame(x = c(-49.8427, -49.85003, NA, -49.84685), 
                       y = c(-21.30366, -21.29498, NA, -21.2944), 
                       time = 1:4, ID = 1)

# 转换为sf对象，指定原始数据的坐标系（这里假设是WGS84，即EPSG:4326）
mov.sf <- st_as_sf(mov.data, coords = c("x", "y"), crs = 4326)

# 查看结果，第三行的geometry会显示为NA，完整保留了所有记录
print(mov.sf)

# 重投影示例（比如转到UTM投影，对应南纬21度附近用EPSG:32722）
mov.sf_reproj <- st_transform(mov.sf, crs = 32722)
print(mov.sf_reproj)

用这个方法，坐标缺失的行不会被丢弃，后续你做插值的时候，直接基于这个sf对象操作即可，非常方便。

方法二：拆分数据后用sp包处理 #

如果你一定要坚持用sp包，那只能先把数据拆分成有有效坐标的记录和含NA坐标的记录，分别处理后再合并：

具体代码示例 #

library(sp)

# 拆分数据：筛选出坐标完整的行和含NA的行
mov.data_valid <- mov.data[complete.cases(mov.data[, 1:2]), ]
mov.data_na <- mov.data[!complete.cases(mov.data[, 1:2]), ]

# 用有效坐标创建SpatialPointsDataFrame，指定原始坐标系
mov.spdata <- SpatialPointsDataFrame(
  coords = mov.data_valid[, 1:2], 
  data = mov.data_valid[, 3:4],
  proj4string = CRS("+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs")
)

# 执行重投影
mov.spdata_reproj <- spTransform(
  mov.spdata, 
  CRS("+proj=utm +zone=22 +south +datum=WGS84 +units=m +no_defs")
)

# 后续合并数据：把重投影后的坐标转回数据框，再和含NA的行合并
mov.spdata_reproj_df <- as.data.frame(mov.spdata_reproj)
colnames(mov.spdata_reproj_df)[1:2] <- c("x_reproj", "y_reproj")
mov.data_final <- merge(mov.data, mov.spdata_reproj_df, by = c("time", "ID"), all.x = TRUE)

print(mov.data_final)

不过这种方法比较繁琐，需要手动拆分和合并，而且后续空间操作只能针对有效坐标的部分，不如sf包灵活。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者bniebuhr