在R 3.4.0中安装ncdf4包失败，报错‘cannot find -lnetcdf’如何解决？

你的报错cannot find -lnetcdf本质是编译ncdf4包时找不到netCDF的C开发库——ncdf4依赖底层的netCDF库来读写文件，R在编译这个包的时候需要链接该库，找不到就会触发编译失败。结合你用的Anaconda环境，给你几个针对性的解决方案，按顺序试就行：

方案1：用Conda直接安装R的ncdf4包（最省心） #

因为你用Anaconda管理环境，优先用conda处理依赖能避免系统库和conda库冲突：

1. 打开终端，激活你的conda环境（如果用的是base环境可跳过这步）：

   conda activate base
   

2. 安装适配R 3.4.0的ncdf4包，指定conda-forge频道（老版本包在这里更全）：

   conda install -c conda-forge r-ncdf4=1.16
   

   这里指定版本1.16是因为它是兼容R 3.4.x的稳定版本，太新的ncdf4会要求更高的R版本。

方案2：先装netCDF开发库，再在R中编译安装 #

如果方案1不行，先给conda环境补上netCDF的C开发库，再让R找到它：

1. 终端安装netCDF开发包（包含编译需要的头文件和库文件）：

   conda install -c conda-forge netcdf-c netcdf-cxx4
   

2. 启动R，指定netCDF的安装路径来安装ncdf4：

   install.packages("ncdf4", configure.args = "--with-netcdf=/root/anaconda3")
   

   这里的路径是你的Anaconda根目录，netCDF的库和头文件会默认放在这个目录下。

方案3：安装指定版本的ncdf4源码包 #

如果上面的方法还是失败，可能是默认下载的ncdf4版本太新，不兼容R 3.4.0，直接安装适配的旧版本：
在R中运行以下命令，下载并安装兼容的旧版本源码包：

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ncdf4/ncdf4_1.16.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

这个2018年发布的版本，完美适配R 3.4.x系列。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Milton_Yu