Dask分组聚合中自定义带ddof参数的方差函数报错问题求助
Dask分组聚合中自定义带ddof参数的方差函数报错问题求助
我最近在使用Dask做分组聚合时遇到了一个棘手的问题:想要实现带自定义ddof参数的方差计算,同时和其他聚合操作一起执行,但总是触发RuntimeError,想请教各位大佬问题出在哪里,有没有更合适的解决方法?
背景情况
单独计算指定非默认ddof的分组方差是可以正常运行的:
df.groupby("a")["b"].var(ddof=2)
如果是和其他聚合操作搭配使用默认方差的话,这样写也没有问题:
df.groupby("a").agg(b_var = ("b", "var"), c_sum = ("c", "sum"))
尝试的自定义聚合函数
为了实现带自定义ddof的方差聚合,我参考Dask文档写了一个自定义聚合函数:
def var(ddof: int = 1) -> dd.Aggregation: import dask.dataframe as dd return dd.Aggregation( name="var", chunk=lambda s: (s.count(), s.sum(), (s.pow(2)).sum()), agg=lambda count, sum_, sum_sq: (count.sum(), sum_.sum(), sum_sq.sum()), finalize=lambda count, sum_, sum_sq: (sum_sq - (sum_ ** 2 / count)) / (count - ddof), )
报错情况
但当我执行下面的聚合代码时,就会抛出RuntimeError:
df.groupby("a").agg({"b": var(2)})
具体报错信息如下:
RuntimeError('Failed to generate metadata for DecomposableGroupbyAggregation(frame=df, arg={‘b’ <dask.dataframe.groupby.Aggregation object at 0x7fdfb8469910>}
我还尝试把代码里的s.pow(2)替换成s**2,但依然会报错。
完整测试脚本
import dask.dataframe as dd data = { "a": [1, 1, 1, 1, 2, 2, 2], "b": range(7), "c": range(10, 3, -1), } df = dd.from_dict(data, 2) def var(ddof: int = 1) -> dd.Aggregation: import dask.dataframe as dd return dd.Aggregation( name="var", chunk=lambda s: (s.count(), s.sum(), (s.pow(2)).sum()), agg=lambda count, sum_, sum_sq: (count.sum(), sum_.sum(), sum_sq.sum()), finalize=lambda count, sum_, sum_sq: (sum_sq - (sum_ ** 2 / count)) / (count - ddof), ) df.groupby("a").agg(b_var = ("b", "var"), c_sum = ("c", "sum")) # <- 这行正常运行 df.groupby("a").agg(b_var = ("b", var(2)), c_sum = ("c", "sum")) # <- 这行触发RuntimeError
备注:内容来源于stack exchange,提问作者FBruzzesi
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